MONAI Label -- 使用 AI 加速你的分割标注

MONAI Label 是一个服务器-客户端(server-client)系统,通过使用 AI 促进交互式医学图像标注。它是一个开源且易于安装的生态系统,可以在具有单个或多个 GPU 的机器上本地运行。服务器和客户端可以设在同一台/不同的机器上工作。它与 MONAI 适配。

大白话讲:要使用 MONAI Label 进行医学数据标注,你需要有2个东西。一是一台带GPU,可以跑深度学习模型的服务器(linux 或者 windouwsd都可),二是一个可以安装如 3D slicer/QuPath/OHIF 等 monai label 支持的客户端标注软件。当然,服务器和客户端可以安装在同一台电脑上,只要满足上述条件。

然后,你就可以在 3D slicer 里面进行分割标注,它支持手动标注和AI 辅助标注。

具体流程看示意图

对于没有学过计算机的可能对客户端和服务端的概念吓到。解释一下

  • 客户端:安装上述软件即可,负责执行一些操作,用于手动分割,通过鼠标点击就可以执行训练和自动分割。

    标注界面可视化操作
  • 服务端:其实就是安装了一个 monailabel 库,我们需要用它来辅助分割的时候,就在终端打开他就行了。

    服务端只需要激活monailabel环境,启动server

标注方法

MONAI 官方提供了三个标注视频:

该教程演示如何使用 monai label 标注病理数据,内置的 pathology app 可以自动分割每一个细胞核,也可以选择你要标记的细胞核。

该教程假设已经训练好了一个分割模型,如脾脏分割模型,然后调用这个模型,得到初步的分割结果,我们对其分割不准确的地方进行二次分割(可以是手动补充,也可以使用 DeepEdit进行深度编辑)。然后将微调后的结果再次进行训练,提高分割准确率。

理想状态是,标注到后面,AI分割的准确率就越高。

工作流程: 加载一个样本 - AI预分割 - 手动修正 - AI训练 - 再次使用AI分割下一样本 - 手动修正 - AI训练 - 再次使用AI分割下一样本

如此反复,当然实际操作的时候不一定是一个样本标完训练一次,可以多标几个。也可以只标几层就开始训练。具体看任务的难易度。

第二个案例中,我们是有一个训练过的脾脏分割模型,那假如我们要标注其他的结构,如脑肿瘤,没有预训练好的模型,我们应该如何使用这个工具。

这时候就会用到迁移学习方法(不了解不重要,会用就行)

工作流程: 加载一个样本 - 手动标注几层或几例 - AI训练 - 再次使用AI分割下一样本 - 手动修正 - AI训练 - 再次使用AI分割下一样本

这里第一次就需要手动分割了,因为没有预训练好的模型。

视频前往B站查看。视频看完基本上可以解决客户端常规标注问题。如果有问题,可以加我,带你进群学习。

最后探讨一下这个工具的一些使用心得。

我第一次不知道客户端和服务端的概念,只装了客户端,所以怎么都用不了。这几天在 MONAI 官方技术支持下,成功使用了。我是做影像数据(CTT,MRI等),使用下载了3D slicer作为前端。3D slicer 本身就是一个强大的分割工具,可以用一些传统方法进行预分割(如阈值法),然后再结合 MONAI Label AI辅助功能,对我们的分割任务是可以加成的。

当然,MONAI Label 也并不是完美的,他在新的分割任务上,AI 的作用是有限的。比如要标注一个 MRI 脑肿瘤图像,你需要手动标注到一定数量才能有一定的效果,因为自己训练一个分割模型,几例数据也不可能达到很高的分割准确度。

另外,它内置的深度学习训练算法,从源代码上看到,他的一些transform变换,是基于 CT 图像做的

比如 radiology app, 他的transform直接把强度值缩到这个范围,那这个范围是不是对CT所有器官适用(至少肺部不适用),是否适用于MRI图像?

而这些内置好的训练策略目前应该是不支持用户修改的。

当然,能力强的人,自然可以选择自己写个 your app。但我也了解了一下,至少我到现在还没学会怎么自创一个 app。

最后,想要玩一玩的朋友,请看后面的安装流程,以及 MONAI Label 官方论文解析。

文章持续更新,可以关注微信公众号【医学图像人工智能实战营】获取最新动态,一个关注于医学图像处理领域前沿科技的公众号。坚持已实践为主,手把手带你做项目,打比赛,写论文。凡原创文章皆提供理论讲解,实验代码,实验数据。只有实践才能成长的更快,关注我们,一起学习进步~

我是Tina, 我们下篇博客见~

白天工作晚上写文,呕心沥血

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阿里的DataV和京东的莫奈都是优秀的大数据可视化平台,但是在以下几个方面存在一些差异: 1. 技术架构:DataV采用了基于Kubernetes的容器化架构,可以快速扩展、自动化部署和管理,同时支持多云部署;莫奈则采用了基于Spark的分布式计算架构,支持GPU加速,能够快速处理大规模数据。 2. 用户群体:DataV更注重企业级用户,提供了丰富的企业级功能和服务,支持多种数据源接入,适用于金融、电商、物流等行业的大屏展示和实时监控;而莫奈则更注重学术机构、政府部门等研究型用户,提供了多种数据挖掘和预测分析算法和模型。 3. 功能模块:DataV提供了多种实时数据接入和展示方式,支持多种数据可视化图表和报表,同时提供了数据分析和预测分析算法和模型;而莫奈则更注重数据挖掘和预测分析功能,提供了更加多样化的算法和模型库,同时支持地图可视化和物联网数据接入。 4. 扩展性:DataV提供了插件式开发和二次开发的方式,可以灵活地进行定制和扩展,支持多种开发语言和框架;而莫奈则更注重算法和模型的扩展和优化,提供了多种扩展方式和可配置参数。 综上所述,阿里的DataV和京东的莫奈都是优秀的大数据可视化平台,但是在技术架构、用户群体、功能模块和扩展性方面存在一些差异。用户可以根据自身需求选择不同的平台,或者结合两个平台的优势进行定制开发。
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