Infomap Python API

Infomap Python API

infomap 是一种基于Map equation的网络聚类算法

原理

是一种基于层距离编码的无监督社区发现算法，为了区分随机游走从一个群组进入到了另一个群组，除了群组的名字之外，对于每个群组的跳出动作也给予了一个编码。比如，下图（c）中红色节点部分是一个群组，群组名的编码是 111，跳出编码是 0001。这样在描述某个群组内部的一段随机游走路径的时候，总是以群组名的编码开头，以跳出编码结束。

详细原理具体可以参考文末的参考文献列表。

安装

可以使用 PyPI 安装 Infomap。命令:

pip install infomap

如果需要升级的话：

pip install --upgrade infomap

用法

• 查看版本号，终端输入：

infomap -v

• 查看帮助，终端输入:

infomap --help

• Python代码中使用

import infomap
from infomap import Infomap

# Command line flags can be added as a string to Infomap
im = Infomap("--two-level --directed")

# Add weight as optional third argument
im.add_link(0, 1)
im.add_link(0, 2)
im.add_link(0, 3)
im.add_link(1, 0)
im.add_link(1, 2)
im.add_link(2, 1)
im.add_link(2, 0)
im.add_link(3, 0)
im.add_link(3, 4)
im.add_link(3, 5)
im.add_link(4, 3)
im.add_link(4, 5)
im.add_link(5, 4)
im.add_link(5, 3)

# Run the Infomap search algorithm to find optimal modules
im.run()

print(f"Found {im.num_top_modules} modules with codelength: {im.codelength}")

print("Result")
print("\n#node module")
for node in im.tree:
    if node.is_leaf:
        print(node.node_id, node.module_id)

Found 2 modules with codelength: 2.32073035683379=======================================================
  Infomap v2.6.0 starts at 
  -> Input network: 
  -> No file output!
  -> Configuration: two-level
                    directed
=======================================================
  OpenMP 201307 detected with 48 threads...
  -> Ordinary network input, using the Map Equation for first order network flows
Calculating global network flow using flow model 'directed'... 
  -> Using unrecorded teleportation to links. 
  -> PageRank calculation done in 50 iterations.

  => Sum node flow: 1, sum link flow: 1
Build internal network with 6 nodes and 14 links...
  -> Max node flow: 0.214
  -> Max node in/out degree: 3/3
  -> Max node entropy: 1.584962501
  -> Entropy rate: 1.250698215
  -> One-level codelength: 2.55665671

================================================
Trial 1/1 starting at  
================================================
Two-level compression: 9.2% 0% 
Result

#node module
3 1
4 1
5 1
0 2
1 2
2 2

从上述结果可以看到，找到了两个社区1和2，社区1中有节点3,4,5, 社区2中有节点0,1,2

更多命令可以参考 https://mapequation.github.io/infomap/python/infomap.html

参考

• https://mapequation.github.io/infomap/python/
• https://www.mapequation.org/publications.html#Rosvall-Axelsson-Bergstrom-2009-Map-equation
• https://zhuanlan.zhihu.com/p/53085574
• https://mapequation.github.io/infomap/python/infomap.html