安装GSEA包代码

本文介绍了如何在R编程中通过devtools包来安装GitHub上的GSEA-MSigDB/GSEA_R项目,这对于进行基因集富集分析的R用户来说是一个实用的指南。
摘要由CSDN通过智能技术生成

install.packages("devtools")

devtools::install_github("GSEA-MSigDB/GSEA_R")

GSEA富集分析,1、准备三个文件第一行:#1.2,表示版本号,自己准备文件时照抄就行; 第二行:两个数分别表示gene NAME的数量和样本数量(矩阵列数-2); 矩阵:第一列是NAME;第二列Description,没有的话可以全用na或任意字符串填充;后面的就是基因在不同样本中标准化后的表达数据了 (部分统计量metrics for ranking genes计算需要log转换后的数据,后面会有提及。其它情况是否为log转换的数据都可用,GSEA关注的是差异,只要可比即可)。 #其次是样品分组信息(通常用.gmt作为后缀) 第一行:三个数分别表示:34个样品,2个分组,最后一个数字1是固定的; 第二行:以#开始,tab键分割,分组信息(有几个分组便写几个,多个分组在比较分析时,后面需要选择待比较的任意2组);(样品分组中NGT表示正常耐糖者,DMT表示糖尿病患者,自己使用时替换为自己的分组名字) 第三行:样本对应的组名。样本分组信息的第三行,同一组内的不同重复一定要命名为相同的名字,可以是分组的名字。例如相同处理的不同重复在自己试验记录里一般是Treat6h_1、Treat6h_2、Treat6h_3,但是在这里一定都要写成一样的值Treat6h。与表达矩阵的样品列按位置一一对应,名字相同的代表样品属于同一组。如果是样本分组信息,上图中的0和1也可以对应的写成NGT和DMT,更直观。但是,如果想把分组信息作为连续表型值对待,这里就只能提供数字。 3. 预定义基因集(gmx or gmt)——非必需文件(需要注意第一列的基因集名称必须是唯一的) 通常用.gmt作为后缀。若采用GSEA预定义的MSigDB数据库中的功能基因集分析,则无需自己定义该文件。每一行为一个功能基因集,第一列为基因集的名称,第二列为简单描述,第三列及以后列为该功能基因集所含的基因symbol。基因集含多少个基因,就列出多少个基因。文件以tab作为分隔符。
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