Cell markers | pbmc marker, 周期基因 marker genes

原创 已于 2023-12-03 10:45:50 修改 · 677 阅读 · 1 ·
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#机器学习 #业界资讯

于 2022-09-14 22:19:09 首次发布
这篇博客探讨了Seurat R包在PBMC数据分析中的应用，重点关注细胞周期基因的鉴定。文中提到，细胞周期基因包括一些特征基因，它们参与不同的细胞周期阶段并具有特定功能。为了设计实验并构建周期特有基因的true positive集合，博主建议通过实验验证和表达谱数据分析相结合的方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

PBMC

R包 Seurat 官方示例的结果。
在这里插入图片描述

Cell cycle

不同细胞的周期基因有哪些？有什么特征基因？有哪些功能？

怎么设计一个实验，做出一系列周期特有基因的 true positive 基因集合？
在这里插入图片描述

PBMC: marker gene (Human)
watermel__的博客
05-19 1576
intermediate monocytes : HLA-DR* [1-5] CD74[6] naive CD8 T cells : CCR7[7-8],TCF7[8],LEF1[8] naive CD4 T cells and naive CD8 T cells : CD45RA, CD62L, CD27, CD28, CCR9, CD31 and/or CD103 [9-13] myeloid DC: CST3, HLA-DPA1, HLA-DQB1[14] non-classical monocyt
CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）
m0_72224305的博客
05-06 1856
让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
CellMarker：人和小鼠中人工标记的细胞标记资源
03-31
生物学中最基本的问题之一是什么类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官。 现在，大规模的单细胞测序和生物学实验研究正在通过揭示显着的细胞标志物来区分组织中不同细胞类型的方法，Swift开辟了跟踪这一问题的新方法。 在这里，我们开发了CellMarker数据库（http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/或http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/），旨在提供全面，准确的资源人和小鼠组织中各种细胞类型的细胞标志物。 通过人工策划超过10万篇发表的论文，记录了4124个条目，包括细胞标志物信息，组织类型，细胞类型，癌症信息和来源。 最后，收集了158种人类组织/亚组织中467种细胞类型的13,605种细胞标志物和81种小鼠组织/亚组织中9,389种细胞类型的9148种细胞标记物，并将其保存在CellMarker中。 CellMarker提供了一个用户友好的界面，用于浏览，搜索和下载不同组织的不同细胞类型的标记。 此外，通过生动的统计图可以直观直观地显示每种细胞类型中标记物的流行情况。 我们相信，CellMarker是细胞研究的全面而宝贵的资源，可用于精确识别和表征细胞，尤其是在单细胞水平上。
CellMarker 2.0 | 鼠标点一点就完成单细胞分析的完美工具~
m0_72224305的博客
11-18 7182
1写在前面 本期我们介绍一下CellMarker 2.0上更新的6个网页工具，主要是用于scRNA-seq数据的分析与可视化。🥰 网址如下：👇 📍http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html 2Single cell web tools 概览 作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih. gov/geo/)数据库的scRNA-seq数据，整合了108个scRNA-seq数据，38种疾病，1,467,748个细胞。🥳
CellMarker 2.0 | 细胞标志物数据库更新啦！~（附使用指南）
m0_72224305的博客
11-16 1万+
1写在前面 细胞标志物（Cellmarker）可以用来定义、区别不同细胞。随着单细胞测序（scRNA-seq）的普及（主要是便宜了📉），相关的研究也越来越多。🥳 在进行细胞注释的时候，我们也介绍过，其实最准确的方法并不是使用什么包，而是使用手动注释。😘 本期就介绍一下这个由已知实验支持的人或小鼠各器官中不同细胞类型的标志物数据库，CellMarker 2.0。👀 🌟 这个数据库首次发布是在2019年，不到4年就更新了第二版，效率可见一斑呀，而且本次还添加了强大的网页工具功能。🤩（请左右滑动查看：👇） 2
10X单细胞转录组测序—常规流程
lz2105的博客
07-18 1778
从原始数据比对计数开始到singleR预测亚群名称
单细胞测序学习笔记（一）——细胞聚类和鉴定
weixin_63756017的博客
02-24 1万+
使用的是10X Genomics 5k Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from a healthy donor (v3 chemistry) Single Cell Gene Expression Dataset by Cell Ranger 3.0.2 的数据 1.保持好习惯，先清空一下环境 rm(list = ls()) 2. 读取下载的数据，文件夹中包括三个文件：1. barcodes.tsv 2. features.tsv ...
scanpy分析pbmc单细胞类型注释
最新发布
04-01
### 使用 Scanpy 对 PBMC 单... for cell_type, markers in marker_genes.items(): if any(gene in enriched_genes for gene in markers): print(f'Cluster {cluster} is annotated as {cell_type}') ``` --- ###
常见基因选择方法[持续更新中...]
Eyno的博客
03-01 1934
SCMarker：选择表达水平呈双/模态分布，并且与其他一些基因共同表达或相互排斥性表达的基因。 论文链接 library(SCMarker) scMarker <- function(data){ Res <- ModalFilter(data = data, geneK = 10, cellK = 10) Res <- GeneFilter(obj = Res) Res <- getMarker(obj = Res, k = 300, n = 30) scMa.
单细胞测序注释常见标志基因
03-10
diff_genes (object = pbmc_small, only.pos = TRUE, min.pct = 0.25) head(diff_genes[, c('p_val', 'avg_logFC')]) ``` 上述代码片段展示了如何使用 Seurat 包加载 PBMC 数据集，并从中找出可能作为潜在标志候选...
【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞周期（PI 染色）
热门推荐
abdslfwoeugp
06-23 1万+
细胞表型检测之细胞周期（PI 染色）
单细胞转录组数据分析之细胞周期分析
binggzheng的博客
10-23 929
#单细胞数据分析 #细胞周期分析
干货分享 | 如何使用单细胞标记的marker基因数据库Cell Marker2.0?
Igenebook的博客
02-26 1581
本文主要介绍了单细胞标记的marker基因数据库 Cell Marker2.0，包括其优势、使用方法、在线分析工具及数据下载功能等具体使用指南，希望可以为您的单细胞研究提供有力支持。
分析方法，单细胞测序之细胞互作
leroylee7的博客
10-28 3295
今年张泽民团队与其合作团队在Cell发表的一篇文章将细胞交互运用自如【1】，该研究手段值得借鉴。肿瘤微环境由很多细胞类型组成，每一种细胞类型的异质性，如肿瘤细胞的不同克隆或免疫细胞的不同亚群，进一步增加了肿瘤微环境的复杂性。不同细胞类型的通讯广泛参与肿瘤的发生与发展、免疫浸润、免疫逃逸、炎性等多种生物学机制。该文章构建了细胞-细胞交互网络，定义了调控肿瘤生成与抗肿瘤免疫的关键细胞群体，发现特异的肿瘤相关巨噬细胞与树突状细胞群体是细胞交互网络中的hub节点（网络枢纽，连接不同的细胞群体）。推荐这篇文章的主要原
细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03
Baimoc
06-29 7022
文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程 一、介绍 前置知识：原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 使用Seurat包来运行，主要实现两个功能： 通过marker基因计算细胞周期评分 基于评分在预处理过程中，减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响 二、预处理 数据来自：http://www.bloodjournal.org/content/early/2016/06/30/blood-2016-05-7
Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具
悟道西方
03-20 6169
我导再也不用担心我不认识marker啦 我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。虽然具有single cell marker基因库，但在判断细胞亚型的时候有时并不是那么solid，有一些原则上比较特异的gene不知道为什么在cell marker上出现在不同的细胞上，比如S100A8,S...
这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图
悟道西方
11-30 590
今天有好友在微信群问起是不是 生信宝典之前出过一个绘制这个图的教程？想了下，免费在线绘图平台ImageGP应该可以绘制！每次如果不提免费总有人问是否收费？测试了下，效果如下，跟上面的不...
细胞注释之marker列表
weixin_53637133的博客
05-07 2495
细胞注释之marker列表
单细胞免疫细胞基因marker
qq_40966210的博客
10-30 1万+
T.cell.marker = c("CD3D",'CD3E','CD2') Fib.cell.marker = c('COL1A1','DCN','C1R') Myeioid.cell.marker = c('LYZ','CD68','TYROBP') B.cell.marker= c('CD79A','MZB1','MS4A1') Endothelial.cell.marker= c('CLDN5','FLT1','RAMP2') Mast.cell.marker= c('CPA3','TPSAB1'.
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