【WSL】window11 安装WSL2配置conda环境及mlatom环境搭建

WSL安装ubuntu 20.02及深度学习环境配置

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前言

写这篇文章之前自己安装过两次环境，可能每次都会产生碰到同样的问题，为了搭建适合自己的虚拟环境保证每一步的正确性，按顺序记录一下

步骤一：安装wsl2

搜索输入“power”，找到Windows PowerShell之后以管理员身份运行。

在弹出的命令窗口中依次输入以下命令：

①下载并安装WSL：

wsl --install

安装后要求你重启生效，重启一次
②使用Windows的Deployment Image Servicing and Management (DISM)工具，启用Windows子系统(Linux)的功能。

dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart

③启用虚拟机平台的功能。WSL2需要此功能。

dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart

④将WSL的默认版本设置为2（Windows 11默认安装的为WSL2，不需要执行该命令，win10需要执行）

步骤二：安装ubuntu 20.02 LST

①我是从Microsoft 商店下载，也可以在powershell输入下列命令下载

Invoke-WebRequest -Uri https://wsldownload.azureedge.net/Ubuntu_2004.2020.424.0_x64.appx -OutFile Ubuntu20.04.appx -UseBasicParsing

②将当前目录下名为Ubuntu20.04.appx的文件重命名为Ubuntu.zip

Rename-Item .\Ubuntu20.04.appx Ubuntu.zip

③解压缩名为Ubuntu.zip的文件

Expand-Archive .\Ubuntu.zip -Verbose

④进入解压文件夹，运行exe程序文件

cd .\Ubuntu\
.\ubuntu2004.exe

安装ubuntu 20.02 设置用户名密码即可

步骤三：更新ubuntu 20.02 软件

①打开Ubuntu 20.04终端。更新软件包索引

sudo apt update

②升级所有可升级的软件包

sudo apt upgrade

③更换Ubuntu软件源

sudo nano /etc/apt/sources.list

http://archive.ubuntu.com/ubuntu/替换为你选择的更快的镜像源

http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/

步骤四：开启ssh服务

①安装OpenSSH服务器

sudo apt install openssh-server

②检查SSH服务状态

sudo service ssh status

如果服务没有运行，启动它：

sudo systemctl start ssh

为了确保每次启动时SSH服务都会运行，可以启用它

sudo systemctl enable ssh

③配置sshd_config文件

sudo vi /etc/ssh/sshd_config

取消注释 Port 22 行以指定SSH端口（默认为22）
取消注释 PasswordAuthentication yes 行以允许密码认证
保存文件并退出编辑器

④检查Ubuntu防火墙设置
确保Ubuntu防火墙（如UFW）允许SSH流量。运行以下命令允许SSH连接：

sudo ufw allow ssh

查看ip地址

ip addr show  or if config

步骤五：端口转发

由于WSL2使用虚拟网络适配器，具有自己的私有IP地址，因此局域网内的其他机器无法直接访问WSL2实例。
①打开Windows PowerShell，以管理员身份运行
②允许传入流量连接到WSL2

New-NetFirewallRule -DisplayName "WSL2 SSH" -Direction Inbound -LocalPort 22 -Action Allow -Protocol TCP

③找到wsl2实例的ip地址

wsl hostname -I

④设置端口转发规则，将传入的连接转发到WSL2实例

netsh interface portproxy add v4tov4 listenport=22 listenaddress=0.0.0.0 connectport=22 connectaddress=<WSL2_IP_Address>

⑤验证端口转发规则是否正确设置

netsh interface portproxy show v4tov4

大概是下图的样式：

侦听 ipv4:                 连接到 ipv4:

地址            端口        地址            端口
--------------- ----------  --------------- ----------
0.0.0.0         22          172.17.26.6     22

步骤六：设置静态IP

①打开 /etc/wsl.conf 文件

sudo nano /etc/wsl.conf

②添加以下内容

[network]
generateResolvConf = false

③在 /etc/netplan/ 目录下创建一个名为 00-wsl.yaml 的新文件

sudo nano /etc/netplan/00-wsl.yaml

④添加以下配置到文件中，将 <desired_ip_address> 替换为您希望分配给WSL2实例的IP地址
<desired_ip_address>是你想要的ip，ip必须在主机ip 的范围内

network:
   version: 2
   ethernets:
     eth0:
       dhcp4: false
       addresses: [<desired_ip_address>/24]
       nameservers:
         addresses: [8.8.8.8]

⑤应用新的网络配置：

sudo netplan apply

⑥重启wsl

wsl --shutdown

⑦更新端口转发规则

netsh interface portproxy add v4tov4 listenport=22 listenaddress=0.0.0.0 connectport=22 connectaddress=<static_ip_address>

需要添加gcc g++ 等， 安装CUDA前可能需要使用安装对于的nvidia 驱动
cmake能安装最好， docker能安装最好

步骤七：安装CUDA

• windows 11 目前应该支持 与 wsl互通，在window安装即可。

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在目前的版本由于wsl端使用window的版本，不需要安装cuda，以下检查增加对版本的检查

检查GPU支持

nvcc --version
nvidia-smi

不能查看gpu支持的情况下，安装以下，适用于Cuda 12.X以上版本

sudo apt install nvidia-utils-535-server

步骤七到此结束，前往步骤八
①下载CUDA
查找相应的CUDA版本
CUDA 下载

②配置CUDA 环境变量
vi ~/.bashrc
#把这三行复制到文件底部

export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.0/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}

#更新一下bashrc文件

source /home/$USER/.bashrc

#更新一下可能需要的依赖

sudo apt-get install freeglut3-dev build-essential libx11-dev libxmu-dev libxi-dev libgl1-mesa-glx libglu1-mesa libglu1-mesa-dev

检查版本

nvcc -V

步骤八：安装conda

安装即可，网络教程很多很详细

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh

记得换源，换阿里源或者清华源

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2

写在 ~/.condarc里面，没有这个文件就自己创建

步骤九：如何安装pytorch-cuda版本

前往 官网
查看合适版本，我使用的 CUDA 12.6，安装这个方式下载3h，也可能不需要下载3h，前提是使用国内镜像。

步骤十：安装mlatom依赖，安装mlatom

pip install numpy scipy torch torchani tqdm matplotlib statsmodels h5py pyh5md  sgdml rmsd openbabel pyscf rmsd rdkit pandas ase fortranformat

完整的Mlatom 的Anaconda环境设置

步骤十: 安装附加软件包

• ASE （可用于几何优化和热化学计算）
• COLUMBUS （使用CASSCF时需要安装）
• DeePMD-kit （能够实现几个机器学习势）
• dftd4 （使用D4色散校正时需要安装，使用AIQM1，ANI-2x-D4和ANI-1x-D4时需要安装）
• GAP and QUIP （使用GAP-SOAP机器学习势时需要安装）
• Gaussian （可用于QM计算、几何优化、频率和热化学计算，运行IRC和非谐波频率计算时需要安装）
• hyperopt （可用于超参数优化）
• MACE （使用MACE势时需要安装）
• MNDO （可用于/推荐用于AIQM1以及其他半经验QM方法）
• Newton-X （进行紫外可见光谱模拟时需要安装）
• Orca （使用CCSD(T)*/CBS时需要安装，可用于DFT计算）
• PhysNet （使用PhysNet势时需要安装）
• sGDML （使用sGDML势时需要安装）
• Sparrow （可用于/推荐用于AIQM1以及其他半经验QM方法）
• TorchANI （使用AIQM1和ANI势时需要安装）
• Turbomole （进行ADC(2)计算时需要安装）

有很多软件的接口，不需要全部安装
AIQM1 的依赖包括Sparrow，MNDO，dftd4
MNDO软件 需要去官网申请，需要私聊，解压后配置环境变量

export mndobin=[path to the executable]/mndo2020

Sparrow 安装开发版本， python版本可能无法使用
dftd4 安装包