针对之前得到的相关系数矩阵做louvain聚类
1.导入包
2.读取.csv文件,并把n*n的相关系数矩阵转化成无向图的邻接表形式
3.聚类
数据集很大,结果很乱,要改进
4.只输出需要的类中的细胞编号
红圈处是聚类的类别名称。
5.完整代码:
import numpy as np
import pandas as pd
import networkx as nx
import cylouvain
graph = nx.Graph()
csv = open("GSE52529_fpkm_matrix_ID_meanNorepeat_Peason.csv")
result = []
columns = csv.readline().st