Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ModuleNotFoundError: No module named ‘igraph‘

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在HPC平台上跑我的R语言代码,结果一直报错说:

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ModuleNotFoundError: No module named 'igraph'

我就知道是我R语言里面导入python包那里出现了问题,对应的python环境没有这个包,我进入了R环境,使用命令如下:
library(reticulate)
py_module_available(“igraph”)#返回了False
conda_list()

name
1 0
2 mofa_env
3 DCCA_env
4 babel
5 d2l-zh
6 deepmaps_env
7 deepmaps_env_
8 py3
9 py3.8_R4
10 scMVAE_env
11 scvi-env
12 base
13 r-reticulate
python
1 /public/home/hpc/.cache/R/basilisk/1.6.0/0/bin/python
2 /public/home/hpc/.cache/R/basilisk/1.6.0/MOFA2/1.4.0/mofa_env/bin/python
3 /public/home/hpc/.conda/envs/DCCA_env/bin/python
4 /public/home/hpc/.conda/envs/babel/bin/python
5 /public/home/hpc/.conda/envs/d2l-zh/bin/python
6 /public/home/hpc/.conda/envs/deepmaps_env/bin/python
7 /public/home/hpc/.conda/envs/deepmaps_env_/bin/python
8 /public/home/hpc/.conda/envs/py3/bin/python
9 /public/home/hpc/.conda/envs/py3.8_R4/bin/python
10 /public/home/hpc/.conda/envs/scMVAE_env/bin/python
11 /public/home/hpc.conda/envs/scvi-env/bin/python
12 /public/home/hpc.local/share/r-miniconda/bin/python
13 /public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python

use_condaenv(“r-reticulate”)#指定虚拟环境
py_config()

python:
/public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:
/public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/libpython3.8.so
pythonhome:
/public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate:/public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate
version: 3.8.13 | packaged by conda-forge | (default, Mar 25
2022, 06:04:18) [GCC 10.3.0] numpy:
/public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version: 1.23.0

此时我已经知道了我应该往哪个虚拟环境里面安装igraph包,就是 /public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/
进入此虚拟环境后,pip install igraph即可,继续提交我的R任务,成功出结果!!!

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根据引用中提供的内容,您可以使用以下命令来操作conda环境: - `conda env list`:查看环境列表 - `conda info --envs`:查看环境 - `conda remove --name env_name --all`:删除环境 - `conda remove --name env_name package_name`:删除环境中某个包 - `conda deactivate`:关闭环境 如果您想更新pip,可以使用以下命令: - `python -m pip install --upgrade pip` 要升级numpy,可以运行以下命令: - `pip install -U numpy` 如果您想安装tensorflow GPU版本,可以使用以下命令: - `pip install tensorflow-gpu -i https://pypi.doubanio.com/simple` 要卸载tensorflow,可以运行以下命令: - `pip uninstall tensorflow tensorflow-gpu` 如果您想安装特定版本的tensorflow-gpu,可以使用以下命令: - `pip install tensorflow-gpu==2.4.0 -i https://pypi.doubanio.com/simple` 根据引用,当您遇到"tensorflow.python.framework.errors_impl.ResourceExhaustedError: OOM when allocating tensor with shape,要安装pytorch,您可以执行以下命令: - `conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=11.1 -c pytorch -c conda-forge` 至于您遇到的"ModuleNotFoundError: No module named 'pytorch_ssim'"错误,这意味着您的环境中没有安装名为'pytorch_ssim'的模块。您可以尝试使用`pip install pytorch_ssim`命令来安装这个模块。如果仍然遇到问题,请确保您已正确安装了所有必要的依赖项以及正确配置了您的环境。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [PyTorch深度学习(29)Pytorch code importance content](https://blog.csdn.net/jiangyangll/article/details/127601586)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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