mac在linux虚拟机gromacs,如何在MacBook上安装gromacs

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rqeljnpl3

2017.02.18

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MacBook上gromacs安装流程：

(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi

cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

make

make install

注：--without-fc是不编译mpif77，可以去掉

(3) 添加mpi环境变量

export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版

cd fftw-3.1.2

./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

make

make install

make distclean

./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

(3) 设置fftw环境变量

export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4) 编译gromacs

cd gromacs-3.3.1

./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

make

make install

make distclean

./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

(5) 设置gromacs环境变量

export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

(6) 编译gromacs源包里的其它文件(可选)

make contrib

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