虚拟机ubuntu集群编译安装GROMACS（MPI版本）软件过程

尝试编译安装gromacs时遇到了不少问题，记录一下：

1.搭建MPI并行环境：http://blog.csdn.net/xiaoqiangqiangjie/article/details/53079181。

2.阅读官方的安装手册：http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/install-guide/index.html。

3.按照官方的使用手册进行安装，如下：

tar xfz gromacs-2016.1.tar.gz
cd gromacs-2016.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mypath
make
make check
sudo make install
source /mypath/bin/GMXRC

其中，/mypath为自由选择的安装目录，-DGMX_MPI=ON指开启MPI编译，另外官方手册中还有支持CUDA的编译option后缀，可以添加。

至此，该软件编译安装完毕。

4.我遇到的错误：

（1）configure: error: Need a version of gcc with -mavx512f，gcc编译器版本不对，手册提示gcc编译版本至少为4.6以上，而我是4.8.2，不知为何不行，困扰许久之后，尝试将编译器改为4.9之后，编译安装成功。

5.总结：

详细阅读官方的使用安装手册，可解决很多问题。