postgwas r语言_如何用R绘制GWAS研究的Manhattan图及QQ图

注意：最新版的qqman程序包是基于R 3.2.5版本开发的，所以使用该程序包之前注意更新R软件到最新版本，同时安装最新版的qqman程序包。虽然以前版本的R也能运行相关程序，但是部分功能显示不够完善。

以下内容因为格式问题将源网页内容稍加调整

Intro to the qqman package

The qqman package includes functions for creating manhattan plots and q-q plots from GWAS results. ThegwasResults data.frame included with the package has simulated results for 16,470 SNPs on 22 chromosomes. Take a look at the data:

> str(gwasResults)

'data.frame':   16470 obs. of  5 variables:

$ SNP   : chr  "rs1" "rs2" "rs3" "rs4" ...

$ CHR   : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

$ BP    : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...

$ P     : num  0.915 0.937 0.286 0.83 0.642 ...

$ zscore: num  0.107 0.0789 1.0666 0.2141 0.4653 ...复制代码

How many SNPs on each chromosome?

> as.data.frame(table(gwasResults$CHR))

Var1 Freq

1     1