edger多组差异性分析_【step by step】菜鸟学TCGA（4）-用edgeR做差异表达分析

大家好，工作太忙，太久没有更新了，哎，泪……

有的同学问我要代码，有的发了，后面的还没有发，一个一个发好累啊，大家有建议吗？

感觉某宝的这个课程也不贵，300多，有经济能力的小伙伴可以自己买，学得快些~

这次讲的是用一个叫edgeR的包，在R中使用，做差异表达分析，做了之后可以相应的做火山图和热图。

大家关于代码有什么疑问，可以在R中输入“？+软件包名字”

如侵犯版权，请告诉我，我把帖子撤了： )

#biocLite("edgeR")

#install.packages("gplots")

foldChange=1#6,7行表示的是过滤的标准，fold change=1意思是差异是两倍，padj=0.05意思是矫正后P值小于0.05，如果得到的差异基因过多，则增大foldchange，减小padj#

padj=0.05

setwd("C:\\Users\\YunGu\\Desktop\\TCGA\\video\\TCGA07")  #设置工作目录，意思是在给自己做的事划定一个地盘，如果输入的数据已经在这个地盘，输出的file想放在这个地盘，后面的文件不用单独在输入路