edger多组差异性分析_edgeR之配对检验分析差异基因的使用教程

edgeR的介绍

背景

RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq，SAGE和CAGE。

简介

edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。edgeR作用的是真实的比对统计，因此不建议用预测的转录本。

归一化原因：

技术原因影响差异表达分析：

1)Sequencing depth：统计测序深度(即代表的是library size)；

2)RNA composition：个别异常高表达基因导致其它基因采样不足

3)GC content： sample-specific effects for GC-content can be detected

4)sample-specific effects for gene length have been detected

注意：edgeR必须是原始表达量，而不能是rpkm等矫正过的。

1.读取表达矩阵文件

>SFTSV_24vscontrol_circ

2.构建分组变量

分为control组和SFTSV_24组,每组都为三个重复

>group

3.构建DGElist对象

这