edger多组差异性分析_使用edgeR进行两组间的差异分析

edgeR 接受raw count的定量表格，然后根据样本分组进行差异分析，具体步骤如下

1.  读取文件

需要读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3

geneA 14  0  11  4  0  12

geneB 125 401 442 175 59 200

每一行为一个基因，每一列代表一个样本。读取数据的代码如下# 读取表达量的表格

counts

"gene.counts.tsv",

header=T,

sep="\t",

row.names=1,

comment.char="",

check.names=F)

# 设置样本分组

groups

# 构建edgeR中的对象

y

2. 过滤count数很低的基因

根据CPM表达量对基因进行过滤，代码如下keep 1) >= 2

y

3. 归一化

默认采用TMM归一化算法，计算每个样本的 sizefactor, 代码如下y

4. 进行差异分析

代码如下design

y

et

5.  提取结果

将差异分析的结果保存到文件中，代码如下res

write.table(res, "edgeR.xls", header = T, col.names = NA, sep = "\t" )·end·