BWA-Samtools-Bcftools SNP calling

最新推荐文章于 2024-03-11 15:36:22 发布
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原文链接：http://www.cnblogs.com/shawn2018/p/8569029.html
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本文介绍了使用BWA、Samtools和Bcftools进行SNP鉴定的标准流程，包括比对、转换和SNP calling三个步骤。通过bwa index和bwa mem进行比对，samtools进行SAM到BAM的转换和排序，以及bcftools mpileup和call进行SNP呼叫。最后，通过bcftools filter筛选高质量SNP。
摘要由CSDN通过智能技术生成

SNP鉴定的标准流程有三个步骤：

一、mapping

   使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对：

   $ bwa index ref.fa

   $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq >aln-pe.sam

二、转换

   $ samtools view -bS aln-pe.sam > aln-pe.bam

   $ samtools sort -@ 40 aln-6.bam > aln-6.sorted.bam

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weixin_30337157
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R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列
青笋的博客
07-09 859
假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物。，可以批量对vcf文件的差异位点生成引物设计数据，测试环境为linux R4.2.3，支持云端计算，如有建议或者需要欢迎联系后台交流。函数将参考基因组中的参考序列信息与变异位点的REF和ALT信息进行拼接，然后将结果保存在。
bcftools进行SNP calling
庐州月光的博客
07-04 4907
欢迎关注"生信修炼手册"！bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下samtoo...
Calling SNPs/INDELs with SAMtools/BCFtools
高锦的博客
12-25 2804
Calling SNPs/INDELs with SAMtools/BCFtools The basic Command line Suppose we have reference sequences in ref.fa, indexed by samtools faidx, and position sorted alignment files aln1.bam and aln2.
[samtools] 文本查看语法，浏览SNP/INDEL位点
weixin_33737774的博客
11-12 570
　　santools可以作为文本查看工具，查看比对结果文件，下面做一简单介绍： 　　1. 通过BWA比对获取sam比对文件，也可以将fastq文件转化为bam/sam文件； 　　2. 转换sam文件为bam文件，samtools view -bS seq.sam > seq.bam 　　3. 对bam文件进行排序，samtools sort seq.bam -o seq.sorted....
samtools
最新发布
long_1998的博客
03-11 1215
参考：https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/18538/samtools-sort-most-efficient-memory-and-thread-settings-for-many-samples-on-a-c。idxstats 统计一个表格，4列，分别为 ”序列名，序列长度，比对上的 reads 数量，未比对上的 reads 数量”用于合并多个已排序的比对文件，生成一个包含所有输入记录的单一排序输出文件，同时保持现有的排序顺序。
bwa-mem2:下一个版本的bwa-mem
05-03
输出应与原始的bwa-mem版本0.7.17相匹配。 从提交e0ac59e开始，我们有一个git子模块safestringlib。 要获得它，请在克隆时使用--recursive或在已克隆的存储库中使用“ git submodule init”和“ git submodule upd
bwa-meth:使用bwa-mem和3个字母的基因组快速准确地比对BS-Seq读数
05-10
虽然它相当稳定，但是我将继续支持bwa-meth的对齐部分bwa-meth修复任何错误或根据需要进行更新。 与此处提供的表格和SNP调用相比，现在有几种（可能更好）的替代方法，因此我将不做进一步的介绍。 对于制表，偏差...
bwa-go
03-14
`bwa-go` 是一个基于 Go 语言实现的生物信息学工具，主要用于DNA序列比对。在生物学研究中，序列比对是至关重要的一步，它涉及到将测序得到的短片段（reads）与已知的参考基因组进行配对，以确定这些片段在基因组中...
bwa-spark-fpga
06-13
【标题】"bwa-spark-fpga"是一个项目，它结合了生物信息学工具BWA（Burrows-Wheeler Aligner）与大数据处理框架Apache Spark，并利用FPGA（Field-Programmable Gate Array）硬件加速，以提升基因序列比对的效率。...
bwa-benchmarks
03-18
bwa基准 该存储库中的代码支持AWS Public Sector博客，标题为 安全 有关更多信息，请参见。 执照 该库是根据MIT-0许可证授权的。 请参阅许可文件。 请注意，要对BWA进行基准测试，应在测试EC2实例上下载并编译该...
Samtools安装与使用-samtools-v1.17（bioinfomatics tools-007）
weixin_44874487的博客
03-06 4165
SAM、BAM文件及SAMtools，SNP的研究需要！生信胶水之一！
【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试
lillianqdzpw
06-08 7239
测试bwa BWA mem -M -k10 -T10 ./ref/ref.fa tst1.fq > tst1.sam mem命令比对： 比对分值阈值默认是[30]，即read比对得分值>=30，输出比对结果。 参数 默认 比对情况 分值 说明 -A [1] Match 1 1bp比对得1分 -B [4] Mismatch -4 1bp错配扣4分 -O [6,6] gap(ins,del) -6,-6 1bp的ins扣6分，del扣6分 -E [1] gap e
BWA: Burrows-Wheeler Alignment Tool比对
weixin_30374009的博客
03-14 481
bwa - Burrows-Wheeler Alignment Tool 常用操作： 建立索引：bwa index ref.fa 单向比对：bwa mem -t 40 ref.fa reads.fq > aln-se.sam -t: 线程数，默认1 -k: 最小的种子长度，默认19 -w: 频带宽度，默认100 -d: 默认100 -r: 默...
bcftools的安装和使用已经bam to vcf 【bcftools】
m0_69574256的博客
11-28 2478
以下内容均是在课堂中，根据老师讲解与帮助完成部分文件和内容由老师提供和准备多种安装方式中，老师已经帮我们提前安装好，这里就不再上机演示了，只演示bam to vcf 【bcftools】的步骤。
bwa基因测序
dltan
08-30 1289
BWA–MEM 算法执行局部比对和剪接性。可能会出现 query 序列的多个不同的部位出现各自的最优匹配，导致 reads 有多个最佳匹配位点。
linux批量筛选序列变异位点,找变异流程之snp_call –WES学习之路
weixin_32374723的博客
05-13 2448
参考了许多WES的流程之后，终于学会了几个找变异软件的使用，记在这里备忘一下。学习不可囫囵吞枣，我还是把软件的各个参数理解下，也充实下内容，避免只有代码的尴尬。1、找变异的前处理这里主要是对bam文件进行排序，不知道用samtools和picard的差别在哪，但是，02样本用picard会报错的。对 mapping 得到的 bam 文件做完 Fix Mate Information、Sort 和 ...
samtools及BCFtools常用参数和使用文档
小静的博客
08-31 3875
samtools及BCFtools是生信数据处理中很重要的两个工具
使用bcftools call 感兴趣的基因
Cassiel60的博客
04-03 2100
看很多文章都是用samtoolsmpileup 来提取感兴趣的位置，其实现在使用这个命令时，会提示我们这个命令已经过时了，使用bcftoolsmpileup 和bcftools call 。 bcftools是附属于samtools的程序，大多数用法是相同的，只是一些参数的变化，可以用bcftoolsmpileup来查看具体用法，或者看文档。https://samtools.githu...
检查并解释代码：#!/bin/bash #bwa ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) for /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam in $ID $sample do echo $ /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam done
05-28
/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1...
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