bwa基因测序

bwa介绍

bwa 是一款将序列比对到参考基因组上的软件。常用算法是BWA-MEM。

BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时，效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。通常情况下，选择BWA-MEM算法。

bwa安装

git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa
make
make install

编译失败，需要yum其它源

bwa使用

（1）bwa创建索引：
方法一:

bwa index mm10.fasta

方法二：

bwa index  mm10.fasta -p genme

方法三：

bwa index -a bwtsw ref.fasta         #对于大基因组建立FM-Index

方法四：

bwa index -a is ref.fasta             #对小基因组建立index，速度快，内存消耗大

（2）bwa序列比对，创建sam文件

bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam