重复序列

重复序列的种类

Tandem repeats 串连重复
   Satellite DNA 卫星DNA
   Variable number tandem repeat /Minisatellite 小卫星
   Short tandem repeat（STR）/Microsatellite (Trinucleotide repeat disorders)微卫星

Interspersed repeats 散落重复
   Transposon (Transposable elements (TEs) )转座子
      Retrotransposon 反转录转座子
         SINEs – Alu sequence, MIR 短散落元件
         LINEs – LINE1, LINE2 长散落元件
         LTRs – HERV, MER4, retroposon 长末端重复
      DNA transposon DNA转座子
         MER1, MER2, Mariners
         TIR（Terminal Inverted Repeat） 末端方向重复

Genomic island
   Genomic island

对于一个新基因组，标记重复序列的流程

已知的转座子的鉴定；
新的重复序列的预测；
串连重复的鉴定；
重复序列的特征分析

重复序列占基因组的比例，不同类型重复序列的数目，比较不同物种之间的差异，描绘出该物种重复序列的特征。

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