叶绿体基因组简单重复序列（SSRs）分析

叶绿体基因组简单重复序列（SSRs）分析

简单重复序列： single sequence repeats （SSRs）

简单重复序列又被称为微卫星序列 是指基因组中的一段串联重复序列，如：AAAAAAAAAAA 或 ATATATATATATATATAT

叶绿体分析中一般使用MISA进行分析其简单重复序列。

MISA 参数设置如下：
单核苷酸：重复10次及以上， 如AAAAAAAAAAA (A)11
二核苷酸：重复6次及以上， 如ATATATATATATATAT (AT)7
…
有两种输出方式 MISA 或者 GFF
默认输出成MISA

有两种输出方式 MISA 或者 GFF
默认输出成MISA即可

结果解读：

下载并打开.misa文件，即可看到各种类型的SSRs， 如下图所示，文件中有三种p1，p2 分别代表单核苷酸和双核苷酸类型，而c代表的是compound SSR 如上图的所示。

统计的时候这些c类型的SSRs 会被统计成一条，因此我们需要对其进行拆分。

也可以将两个SSRs之间的距离设置的小一些，这样可以大大减少C类型的SSRs

拆分后其总和应该和.statistics文件中的Total number 相等。

最后我们得到50条SSRs 和他们在基因组上的位置，然后就可以根据注释好的叶绿体基因组文件编写相应的脚本，得到这些SSRs在叶绿体基因组上的具体区域，如某基因中或某两个基因的间区或者是内含子区域。

MISA网站经常进不去，所以自己写了个SSRs的分析脚本、大概200多行 C类型的SSRs也可以直接整理成标准格式。

写在末尾

如果分析中有不明白的地方，可以私信我哦，我看到了一般都会回复的