go kegg_GO富集分析可视化：GOplot~准备自己的数据—2

最近在学习使用GOplot这个包中的GOChord()函数可视化GO富集分析结果，又有了一点收获，记录在这里。

通过help(package="GOplot")查看帮助文档中的例子，这个例子中他准备了4数据

• EC$david david的GO富集分析结果
• EC$genelist 这个是R语言包limma做差异表达分析得到的结果，其中的t和B是什么意思我还没有搞明白
• EC$genes 这个数据包含两列，一列是感兴趣的基因名，一列是logFC的值
• EC$process 自己感兴趣的GO term

例子中通过两个函数将这些数据整合到一起

circ<-circle_dat(EC$david,EC$genelist)
chord<-chord_dat(circ,EC$genes,EC$process)

接下来就可以画图了

GOChord(chord,gene.order = 'logFC')

最终的输入数据chord，使用class()函数查看数据类型，发现其是一个矩阵，实际数据内容是