go kegg_KEGG分析及可视化

最新推荐文章于 2024-07-22 19:16:34 发布

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文章标签： go kegg

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_33304613/article/details/112173994

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本文介绍了KEGG（京都基因和基因组百科全书）及其在系统分析基因功能中的作用。主要内容包括如何进行KEGG的barplot和dotplot的绘制，以展示基因通路分析结果。若基因名称非ENTREZID，需要进行转换步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

上一篇推文中我们解释了GO富集分析及可视化（GO富集分析及可视化），除了GO富集分析，我们经常在paper中看到KEGG分析，KEGG是什么呢，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库，其中包含有大量的通路图。

我们今天来介绍如何绘制KEGG的barplot和dotplot。

library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
geneNames <- names(geneList)[1:100] ##数据来自DOSE这个包
enrich <- enrichKEGG(gene = geneNames,
                       organism = "hsa",
                       pvalueCutoff = .1,
                       qvalueCutoff = .1)

我们先来看看结果

> head(enrich)
               ID                                                   Description GeneRatio  BgRatio       pvalue     p.adjust       qvalue       geneID Count
hsa04110 hsa04110                                                    Cell cycle 8/48 124/8081 5.