postgwas r语言_笔记 | GWAS 操作流程1：下载数据

这里，总结一下GWAS的学习笔记，GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择(MAS)或者基因定位，这次学习的教程是plink做GWAS，plink是个很好的软件，但是之前做GWAS都是使用R包，听说plink和EMMAX做GWAS更快，更好，更容易写出pipeline。就利用网上的信息写一个操作笔记，先操作plink，然后是EMMAX，有一些模型知识的同学，理解起来应该不难。

GWAS分析的两类性状：分类性状(阈值性状，质量性状)：比如抗病性，颜色等等

连续性在(数量性状)：比如株高，体重，产量等等

GWAS的分析方法：分类性状：logistic等等

连续性状：GLM，MLM模型等等

「一般线性模型(GLM)：」

这里，SNP作为固定因子，可以考虑其它协变量(比如性别，PCA，群体结构等等)

「混合线性模型(MLM)：」固定因子：SNP + 可以考虑其它协变量(比如性别，PCA，群体结构等等)，这里固定因子和前面的GLM一样

随机因子：亲缘关系矩阵(K矩阵或者A矩阵)

参考：

这个教程非常的经典，我看网上很多人推荐。

包括数据的过滤，SNP的过滤，样本的过滤&#