linux运行raxml,RAxML安装 - osc_afu222dy的个人空间 - OSCHINA - 中文开源技术交流社区...

1.下载解压

$ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip

$ unzip standard-RAxML-master.zip

$ cd standard-RAxML-master

2.安装

在 Linux 按 CPU 的计算速度，有 3 种版本： 标准版， SSE3 和 AVX 版本。 按并行化方式有 4 种版本： Sequential, Pthreads, MPI, Hybrid Pthreads/MPI 。可以编译出 12 个不同版本的 RAxML 程序。 SSE3 版本比标准版快 ~40%, AVX 版本比 SSE3 版本快 10~30% 。 与 CPU 支持有关。

$ make -f Makefile.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.HYBRID.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc

$ rm *.o

3.设置环境变量

$ cd ..

$ mv standard-RAxML-master /opt/biosoft/RAxML-8.0.26

$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.0.26/'

>> ~/.bashrc

$ source ~/.bashrc