linux运行raxml,在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读

1：在线构建RAxML树

1. CIPRES网站：

CIPRES Science Gateway V3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#

上传数据，新建任务

2. 上传数据，选择RAXML tools

选择工具

3. 设置参数

设置booystrap次数，选择快速bootstrap分析选项-f a

2： 本地构建RAxML法

首先安装Linux版本RAxML

$ raxmlHPC ­-f a ­-x 12345 ­-p 12345 ­-# 100 ­-m PROTGAMMALGX ­-s example.phy ­-n ex -T 20

并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：

$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 rax