pfamscan 的使用_OmicShare

结果

1.比对结果总表

表头说明:

Seq id : 蛋白/基因的编号

Alignment start : 基因/蛋白序列比对的结构域起始位置

Alignment end : 基因/蛋白序列比对的结构域终止位置

Envelope start : HMM 模型预测的基因/蛋白序列的结构域起始位置

Envelope end : HMM 模型预测的基因/蛋白序列的结构域终止位置

Hmm acc: 基因/蛋白序列对应结构的模型在Pfam中的编号

Hmm name : 基因/蛋白序列对应结构的模型在Pfam中的名称

Type : 基因/蛋白序列匹配到 Pfam 数据库中对应结构的分类水平,蛋白家族或者结构域

Hmm start : 比对上的部分在数据库匹配序列上的起始位置

Hmm end : 比对上的部分在数据库匹配序列上的终止位置

Hmm length:比对上的长度

Bit score:根据比对和 HMM 模型得出的基因/蛋白序列结构的评分,打分越高,可信度越高

E_value : 比对的 E值(E值越小,可信度越高)

Significance : 基因/蛋白序列在数据库中匹配结构的数目

Clan : Pfam 数据库中按照蛋白质序列,结构以及 HMM 文件而分成的类群

PfamA definition : 查询序列对应结构在 PfamA 中的名称

2.比对结果统计饼图

将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值