fastqc检验时不能执行java_利用fastqc检测原始序列的质量

最新推荐文章于 2024-05-19 18:33:35 发布

Aitsuko

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文章标签： fastqc检验时不能执行java

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_34873798/article/details/114760336

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FastQC是一款基于Java的Linux环境下测序数据质量评估工具。本文介绍了FastQC的基本用法，包括命令行参数解释，如输出路径、线程数设置等，并详细解读了FastQC报告的各个部分，如序列质量、碱基比例、GC含量等，帮助理解测序数据的质量状况。

摘要由CSDN通过智能技术生成

FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估(Quality Control)，其官网地址为：Babraham Bioinformatics

FastQC的下载和安装，和一般的Java软件没有什么区别，我们在这里就不做介绍了，在成功安装好以后，我们就在命令行模式下，输入fastqc就可以调用这个程序，这时候我们可以选择 --help选项查看帮助文档：

# 基本格式# fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

# 主要是包括前面的各种选项和最后面的可以加入N个文件

# -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的

# --extract 生成的报告默认会打包成1个压缩文件，使用这个参数是让程序不打包

# -t --threads 选择程序运行的线程数，每个线程会占用250MB内存，越多越快咯

# -c --contaminants 污染物选项，输入的是一个文件，格式是Name [Tab] Sequence，里面是可能的污染序列，如果有这个选项，FastQC会在计算时候评估污染的情况，并在统计的时候进行分析，一般用不到

# -a --adapters 也是输入一个文件，文件的格式Name [Tab] Sequence，储存的是测序的adpater序列信息，如果不输入，目前版本的FastQC就按照通用引物来评估序列时候有adapter的残留

# -q --quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况。

简单使用：

fastqc -o qc -t 10 KPGP-00001_L1_R1.fq.gz

运行一段时间以后，就会在qc文件夹中出现以下报告文件：

KPGP-00001_L1_R1_fastqc.html KPGP-00001_L1_R1_fastqc.zip

使用浏览器打开后缀是html的文件，就是图表化的fastqc报告。

1、Summary

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