1.项目说明
采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式(图1)。
2.计算方法
从RCSB Protein Data Bank(http://www.rcsb.org)下载PARP1的X-ray晶体结构(PDB 编号:4RV6,分辨率:3.19 Å),以第一个构象作为受体结构。
[1].采用UCSF Chimera软件建立化合物1的三维结构,并进行能量优化。
[2,3].采用Dock Prep模块添加氢原子,并分别添加AMBER ff14SB力场和AM1-BCC电荷。采用Chimera中的DMS工具以半径为1.4 Å的探针生成受体的分子表面。
[4,5].X-ray晶体结构显示有1个合理的结合位点,对于该结合位点,使用sphgen模块生成围绕活性位点的球状集合(Spheres),使用Grid模块生成Grid文件,该文件用于基于Grid的能量打分评价。采用DOCK6.7程序进行半柔性对接(semi-flexible docking),生成10000个不同的构象取向(orientation)以及获得配体分子与结合位点的静电和范德华相互作用,并由此计算得到Grid打分。