蛋白对接_蛋白-小分子对接

1.项目说明

采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。

图1.化合物1的化学结构

2.计算方法

从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV6，分辨率：3.19 Å），以第一个构象作为受体结构。

[1].采用UCSF Chimera软件建立化合物1的三维结构，并进行能量优化。

[2，3].采用Dock Prep模块添加氢原子，并分别添加AMBER ff14SB力场和AM1-BCC电荷。采用Chimera中的DMS工具以半径为1.4 Å的探针生成受体的分子表面。

[4，5].X-ray晶体结构显示有1个合理的结合位点，对于该结合位点，使用sphgen模块生成围绕活性位点的球状集合（Spheres），使用Grid模块生成Grid文件，该文件用于基于Grid的能量打分评价。采用DOCK6.7程序进行半柔性对接（semi-flexible docking），生成10000个不同的构象取向（orientation）以及获得配体分子与结合位点的静电和范德华相互作用，并由此计算得到Grid打分。