蛋白对接_RosettaDock4.0 : 蛋白蛋白复合物对接预测

参考1: Protein–Protein Docking with Backbone Flexibility

参考2: Conformer Selection and Induced Fit in Flexible Backbone Protein–Protein Docking Using Computational and NMR Ensembles

参考3: High-resolution protein–protein docking

参考4: Benchmarking and Analysis of Protein Docking Performance in Rosetta v3.2

一、前言

蛋白-蛋白对接是一个既复杂又重要的话题。从一开始的基于FFTs算法的刚性对接ZDOCK发展到现在整合实验信息与多步骤优化的HADDOCK、ClusPro、SwamDock等等的出现，该领域的算法一直不断地升级迭代。

RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将，久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的文章都是使用RosettaDock进行最后的优化，其地位可见一斑。

近年来，RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的FlexPepDock、以及最新的Motif Score打分函数等等。

本文将简要的介绍常规的RosettaDock4.0 蛋白-蛋白复合物对接预测的基本框架和用法。

二、基本原理和算法

RosettaDock4.0的基本算法如下: (发展过程中还有一些变种Protocol)

整个对接流程分为两个阶段，在第一个低分辨率阶段，蛋白质之间的侧链被一个粗粒化球所替代。直接搜索蛋白质之间的骨架形状相适配的程度。在第二个阶段才会考虑全部的侧链，计算更加精确的相互作用能量。

起始的局部干扰，将初猜构象的其中一个组分随机平移和转动8埃和8°(或8埃，3°)。

在低精度阶段，进行500次刚性体的移动，其中可以选择是否进行Ensemble的构象交换选择，模拟构象选择的过程，此阶段使用的是motif_dock_score进行打分。

在高精度阶段:

• 优化复合物侧链构象并能量最小化，避免侧链packing不同对打分造成严重影响。

• 运行内部循环: 运行50次MCMCycle, 每次MCMCycle包括: 刚性体移动、RotamerTrials优化每一个氨基酸为最低能量状态、并判断能量是否大于15REU，如果能量下降太小，运行一次刚性体之间的能量最小化。

  (每8步MCMCycle运行一次full-atoms Repack(repack模式可以分为rt_min或sc_min)

• 外部循环: 重置初始状态，并运行4次重复的内部循环

• 最后从整个mc轨迹中恢复能量最低的构象(最后会再进行一次能量最小化)。

如果用一张图来生动地说明RosettaDock是如何进行对接的: