linux ftp下载geo,高通量数据下载还能这样操作?

本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。

文章

AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

数据

根据文章中的提示，打开NCBI上的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)

在搜索框中输入登录号“GSE81916”。在新打开的页面中，拉到底端即可看到文章的可下载数据。其中Download family是经过GEO数据库整理和标准化的数据，Supplementary file是原始数据，提供SRA格式的文件(通过ftp下载)和bw压缩格式的文件(通过 http下载， 点击custom可以选择要下载的文件)

ftp链接打开后显示有15个SRR文件

点击custom后显示有15个bw文件(bw文件是精简版的bam文件)，可以选择想要的文件后再下载。