质控工具之TrimGalore使用方法

TrimGalore

就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。

因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。

想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。

还能和mutilqc完美对接，生成网页版报告。

 

使用比较简单直接：

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

 

其他参数无需选择，默认的就可以了，是不是十分之自动化。　　

参见说明文档