RNA-seq上游分析之质控软件——Trim Galore

前言

之前做质控的大致流程是先用fastqc看一下测序质量，随后会使用去接头和低质量软件去去除adapter以及低质量序列，如常用的cutadapt、trimmomatic、以及之前有所了解的国产软件fastp。最近新接触的一款软件Trim Galore，有所耳闻，但还未使用过，这次接着分析bulk-RNA的机会，再系统回顾一下这些上游处理的软件。

提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

1. Trim Galore可以用来做什么？（What？）

Trim Galore封装了fastqc和cutadapt这两款软件，也就是说它将查看fastq质量和去除fastq低质量序列这两步封装在了一起，此外，它除了处理高通量测序数据外，很神奇的是它还可以处理RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )这种DNA甲基化序列。

2. Trim Galore的优势（Why trim galore？）

1. 方便：包装了fastqc和cutadapt，一个软件就可以完成两个软件做的事情
2. 使用广泛：除了像cutadapt和timmomatic一样可以处理高通量测序数据外，还可以处理RRBS（为什么可以处理RRBS？那为什么处理不了全基因组甲基化数据呢？）

3. 处理思路（How？）

Step1：Quality Trimming
从3’去除低质量序列
Step2：Adapter Trimming
自动识别并去除adapter

1. Adapter auto-detection
2. Manual adapter sequence specification
   Step3：Removing Short Sequences
   当去除3’的低质量序列和adapter后，最后剩下来的序列会比较短，这对于后续的比对是不利的，会影响比对率，所以需要去除过短的序列。
   Step4：Specialised Trimming
   个性化使用（这次不用就先不看了哈）