Trim Galore用法及参数考量

Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。

软件说明

版本信息

1. Trim Galore version: 0.4.1
2. Cutadapt version: 1.11
3. FastQC version：0.11.3

依赖环境

1. FastQC
2. Cutadapt

软件安装

Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用（perl文件，无需任何安装）。

参数概览

这里只讨论了部分参数（与我的数据相关的部分，数据情况请参照下面）。其余参数的设定可以参考「