linux下phylip软件构建NJ树,Phylip分子进化分析软件包简介及使用

Phylip分子进化分析软件包简介及使用

Phylip 是一个免费的系统发生(phylogenetics)分析软件包，由华盛顿大学遗传学系开发，1980 年首次公布。Phylip 有多种不同平台的版本(包括windows，Macintosh ，DOS，Linux，Unix 和 OpenVMX)。下载地址：http://evolution.genetics,washington.edu/phylip.htmlPhylip 软件包的组成Phylip 包含了 35 个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。Phylip 主要包括一下几个程序组：分子序列组、距离矩阵组、基因频率组、离散字符组、进化树绘制组。分子序列组：蛋白质序列：protpars，proml ，promlk，protdist；核酸序列：dnapenny，dnapars，dnamove ，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp距离矩阵组：Fitch，kitsch ，neighbor基因频率组：Gendist， contml离散字符组：Pars，mix，move ，penny ， dollop，dolmove，dolpenny ，clique，factor进化树绘制组：drawtree ，drawgram其他：restdist，restml ， seqboot，contrast，treedist ，consense ，retreePhylip 软件包的文档Phylip 软件包的文档是非常详细的，对于每个独立的程序，都有一个独立的文档，详细的介绍了该程序的使用及其说明。此外，Phylip 软件包还包括程序的源代码( c 语言)。Phylip 软件包的应用1、根据你的分析数据，选择适当的程序：若分析的是 DNA 数据，就在核酸序列分析类中选择程序(dnapenny，dnapars，dnamove ，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp)；若分析的是离散数据，如突变位点数据，就在离散字符组里面选择程序。2、选择适当的分析方法：若分析的是 DNA 数据，可以选择简约法(DNAPARS)、似然法(DNAML，DNAMLK )、距离法(DNADIST)等。3、进行分析：选择好程序后，执行，读入分析数据，选择适当的参数，进行分析，结果自动保存为 outfile、outtree。Outfile 是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器(如写字板)打开。outtree 是分析结果的树文件，可以用 phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如 treeview。利用 Phylip 构建进化树使用示例数据：Clustal 比对后的蛋白质序列构建方法：距离法(protdist. )统计分析：拨靴法(bootstrap)构建分析过程(图示)1、双击执行执行 protdist.，根据提示输入分析的文件名(程序默认是 infile)：2、设定各个参数，执行程序，获得距离矩阵数据输出文件 outfile。3、选择通过距离矩阵推测进化树的算法(fitch. ，kotsch.，neighbor.)。 4、将刚获得的输出文件改名为 infile，执行选择的推测算法(neighbor.)。设置好参数后执行程序，获得 outfile 和 outtree 两个结果输出。获得的结果文件中，outtree 文件是一个树文件，可以用 treeview 等软件打开。outfile 是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。5、加入统计分析(bootstrap)：我们刚刚获得的进化树是纯粹的根据先前获得的排列数据所推导出来的。有很多可能使得这个树并不一定可靠，因此需要引进一些统计分析来寻找更优的进化树，最常见的就是 bootstrap 分析：Bootstrap 分析包涵两个执行程序：seqboot.、consence.，分析也分成两步：首先由 Seqboot 产生大量的数据组；再选择算法对产生的数据进行分析，由 consence 获得最优树。进化树评估优化方法简介：常用的两种方法就是 Bootstrap 和 Jackknife。所谓 Bootstraping 法就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列，一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则(majority-rule)我们就会得到一个最“逼真” 的进化树。Jackknife 则是另外一种随机选取序列的方法。它与 Bootstrap 法的区别是不将剩下的一半序列补齐，只生成一个缩短了一半的新序列。