haploview画出所有SNP的LD关系图

有时候我们想画出所有SNP的LD关系图,则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行,如下所示:

java -jar Haploview.jar -skipcheck -n -pedfile 800kb1.ped -info 800kb1.info -png -out 800kb

 这样就不需要经过haploview的过滤标准了。

如果只想过滤某个标准,则可参看下来参数

-skipcheck Skip all the genotype data quality checks and uses all markers for all
analyses.
-minMAF <threshold> Exclude all markers with minor allele frequency below <threshold>,
which must be between 0 and 0.5. Default of 0. This option works in
GUI mode.
-maxMendel <integer> Exclude markers with greater than <integer> Mendelian inheritance
errors. Default of 1. This option works in GUI mode.
-minGeno <threshold> Exclude markers with less than <threshold> fraction of nonzero
genotypes. <thres
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