haploview进行连锁不平衡分析

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haploview 是基于图形界面的软件，其界面设计良好，用法简单，是进行连锁不平衡分析的主流软件之一。

需要两个输入文件， 后缀分别为ped和info。ped文件保存的是样本的基因分型结果，这种格式在之前的文章中详细介绍过了；info文件保存的是SNP位点的ID和位置信息，内容如下

IGR1118a_1  274044
IGR1119a_1  274541
IGR1143a_1  286593

第一列为SNP位点的ID, 第二列为SNP位点在基因组上的位置。

1. 导入输入文件

点击Linkage Format菜单，然后选择对应的输入文件。Data File 指定输入的ped文件，Locus Information File 指定输出的info文件，如果ped和info文件同名，在指定Data File的同时，程序会自动识别info文件；Ignore pairwise comparisons of markers 指定计算LD的范围，默认只对距离在500kb以内的SNP位点分析连锁不平衡，可以根据自己的需要进行调整，比如调整到1000Kb;Exclude individuals 对样本进行过滤，默认基因型缺失的比例大于50%的样本被剔除。当所有参数设置好之后，点击OK按钮即可。

2.  对输入的SNP位点进行过滤

check markers可以对输入的SNP位点进行过滤， 可以根据HW pvalue, Min genotype, mendel error, MAF等阈值过滤。设置好相应的阈值之后，点击Rescore Markers按钮，就可以根据阈值过滤了，最后一列的Rating如果勾选上了，表示该SNP位点符合要求。

3. LD plot

点击LD plot 按钮，就可以看到如下所示的连锁不平衡的热图；每个格子代表了两个SNP位点之间的LD分析结果，颜色从白色到红色，代表连锁程度从低到高。右键点击格子，可以看到LD分析的详细结果。方框中的数值为D'值，为了美观，这里乘以了100。通过最上方的Display按钮，可以调整热图的外观。
相互之间高度连锁的SNP位点构成了haplotype block, 比如下图中的1-8构成了block1, 长度为84kb。

4. haplotypes

基于LD分析的结果，可以去定义一个haplotype block。  通过最上方的Analysis按钮，可以调整计算haplotype block的算法

5. Tagger

Tagger按钮用于挑选tagSNPs, Configuration有两个用途，第一个是筛选SNP位点，通过勾选对应的单选框，可以指定想要进行分析的SNP位点；第二个用途是指定tagSNPs挑选的算法，默认是pairwise tagging only。

设置好之后，点击Run Ragger按钮，就可以了，结果界面如下

Test 框中显示的就是挑选出的tagSNPs, 鼠标左键单击每个SNP位点，在下方的Alleles captued by Current Selection 框中，会显示该tagSNP代表的其他SNP位点。右侧的表格展示了每个SNP位点对应的最佳的tagSNP。通过下方的Dump Tests File和Dump Tags File按钮可以导出结果。

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