LEfSe软件用于发现两组或两组以上的biomarker,主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。
运行LEfSe软件主要分三大步骤:第一步:需要把普通的物种、基因等等的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件
第二步:这一步也是最关键的一步,统计显著差异的biomarker、统计子组组间差异、统计effect sizes(LDA score),会生成.res格式的文件。如下图所示Step1:两组或两组以上的样本中采用的非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验检测出biomarker。
Step2:基于上步的显著差异物种基因,进行两两组之间的Wilcoxon秩和检验,检测出组间差异。
Step3:线性判别分析(LDA)对biomarker进行评估差异显著的物种的影响力(即LDA score),最终获得biomarker。
第三步:基于第二大步的数据,绘制各种图片。如下图所示
LEfSe分析
最新推荐文章于 2024-05-29 15:16:44 发布
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