plink格式文件转化为vcf文件(VCF versions convert)

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式

plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式

两个版本用到的命令不一样

对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为:

plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf

生成的vcf为4.2版本

对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为:

plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf

生成的vcf为4.3版本

 

参考链接:

http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf

http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8574237.html

  • 0
    点赞
  • 0
    评论
  • 0
    收藏
  • 一键三连
    一键三连
  • 扫一扫,分享海报

表情包
插入表情
评论将由博主筛选后显示,对所有人可见 | 还能输入1000个字符
©️2021 CSDN 皮肤主题: 大白 设计师:CSDN官方博客 返回首页
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、C币套餐、付费专栏及课程。

余额充值