R语言之并行计算(kendall相关系数篇)

最新推荐文章于 2024-04-21 12:55:44 发布
最新推荐文章于 2024-04-21 12:55:44 发布
阅读量3.9k 收藏 17
点赞数 1
文章标签： r语言 python
原文链接：https://my.oschina.net/u/1791586/blog/338349
版权
文章介绍了在R语言中计算大量数据的Kendall相关系数时，如何通过优化算法和并行计算来提高效率。推荐使用pcaPP包的cor.fk函数，并展示了使用parallel包进行并行计算的实例，揭示了并行计算的加速效果及限制。
摘要由CSDN通过智能技术生成

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> hot3.png

    对于属性较多的数据,我们一般都会去计算两两属性之间的相关性,用以探讨属性之间的关系.

    相对于皮尔森相关系数,我们更喜欢使用spearman和kendall相关系数,因为作为非参数相关系数,稳定性更好.

    一般来说,计算kendall相关系数可以用以下语句:

cor(x, y, method = "kendall")

    在本文一开始提到的场景下,这十分耗时.我们可以从以下3个方面减少计算时间:

    1.优化算法,pcaPP包提供的cor.fk函数具有更好的效率,大规模计算kendall系数的话,多使用这个函数.

pcaPP::cor.fk(x, y)

    2.将任务拆分成几个并行的子任务分别在不同的计算机上运行,如果能够得到这些计算机的权限,这个方法可以归于第3个方法,这里不多讲.

    3.将任务拆分成几个并行的子任务分别在某台计算机

最低0.47元/天 解锁文章
weixin_34336526
关注
MATLAB算法实战应用案例精讲-【数模应用】Kappa一致性检验（附MATLAB、python和R语言代码实现）
qq_36130719的博客
07-24 8598
Kappa分析是一种用于检验员检验能力鉴定的方法，它衡量的是评估者之间的一致性。Kappa值用于计算两观察者的吻合率，取值范围在-1到1之间，其中0表示随机一致性，1表示完全一致性。在检验员检验能力鉴定中，Kappa分析通过收集检验员对同一批样本的检验结果以及样本的真实结果，来计算Kappa值。根据Kappa值的大小，可以评估检验员的检验能力，并为后续的培训和提升提供参考依据。Kappa分析具有一些优点，如客观性和准确性高，可消除评估者之间的主观差异。
算法实战应用案例精讲-【数据分析】基于R语言的时序分析（附R语言代码）
qq_36130719的博客
01-11 1301
时间序列的异常检测问题通常表示为相对于某些标准信号或常见信号的离群点。虽然有很多的异常类型，但是我们只关注业务角度中最重要的类型，比如意外的峰值、下降、趋势变化以及等级转换（level shifts）。革新性异常：innovational outlier (IO)，造成离群点干扰不仅作用于X(T)，而且影响T时刻以后序列的所有观察值。附加性异常：additive outlier (AO)，造成这种离群点的干扰，只影响该干扰发生的那一个时刻T上的序列值，而不影响该时刻以后的序列值。
r语言kendall协和系数_R语言之并行计算(kendall相关系数篇)
weixin_39787057的博客
12-22 2343
对于属性较多的数据,我们一般都会去计算两两属性之间的相关性,用以探讨属性之间的关系.相对于皮尔森相关系数,我们更喜欢使用spearman和kendall相关系数,因为作为非参数相关系数,稳定性更好.一般来说,计算kendall相关系数可以用以下语句:cor(x,y,method="kendall")在本文一开始提到的场景下,这十分耗时.我们可以从以下3个方面减少计算时间:1.优化算法,pc...
肯德尔相关系数计算方法
teacherfbj的博客
03-18 6248
肯德尔相关系数计算方法 由影响力传播为例进行说明： 我们设定信息源节点（种子节点）数目分别为1，2，3，4的情况下 方法1产生的影响范围：{x1,x2,x3,x4}={2，3，4，5} 方法2产生的影响范围：{y1,y2,y3,y4}={7，6，8，9} 则形成元组对： {(x1,y1),(x2,y2),(x3,y3),(x4,y4)} 改写成列的方式 (x1,y1) (x2,y2) (x3,y3) (x4,y4) 形成组合： {(x1,x2),(x1,x3),(x1,x4),(x2,x3),(x2,x4)
统计相关系数——Kendall Rank(肯德尔等级)相关系数
Rosalind_Xu的博客
03-15 2万+
参考内容： 统计相关系数(3)——Kendall Rank(肯德尔等级)相关系数及MATLAB实现 作用： Kendall相关系数是一个用来测量两个随机变量相关性的统计值。肯德尔相关系数的取值范围在-1到1之间，当τ为1时，表示两个随机变量拥有一致的等级相关性；当τ为-1时，表示两个随机变量拥有完全相反的等级相关性；当τ为0时，表示两个随机变量是相互独立的。 适用范围 斯皮尔曼等级相关系数对数据...
【统计学】三大相关系数之肯德尔相关系数（kendall correlation coefficient）
小猪课堂的博客
04-15 2万+
kendall相关系数,亦即和谐系数 kendall相关系数又称作和谐系数,也是一种等级相关系数,其计算方法如下: 对于X,Y的两对观察值Xi,Yi和Xj,Yj,如果Xi<Yi并且Xj<Yj,或者Xi>Yi并且Xj>Yj,则称这两对观察值是和谐的,否则就是不和谐的. 和谐： x1>y1 and x2>y2 (or x1<y1 and x2<y2) 不...
相关系数pearson、spearman、kendall和R语言中的cor/or.test()
cfc424的博客
09-04 4929
相关系数pearson、spearman、kendall和R语言中的cor/or.test()
在R中编写foreach分块的分布式计算程序，并且以kendal tau为例对比Kendall tau的snow实现、foreach实现及foreach分块实现的计算时间。
最新发布
09-26
例如，如果你想要并行计算Kendall Tau系数（一种衡量两个有序变量间关系强度的统计量），你可以这样做： ```r library(doParallel) library(foreach) library(iterators) # 定义一个函数来计算Kendall Tau kendall...
【mantel test R 语言实现】
weixin_46587777的博客
04-21 2870
左边4个点表示4个分组，注意：点虽然只有一个，但表示的是矩阵数据！右边每个理化因子之间做相关性热图，颜色表示相关系数在通过manlel test，将左边矩阵与每个理化因子相关联注意：左边可以是一个大矩阵，也可以采用某些方法划分成若干小矩阵中间连线部分的宽窄和颜色分别代表r的统计量和显著性p值1.如果你有三个物种的数据和环境理化因子数据，你想知道哪些理化因子分别对三个物种影响最大？（当然也不一定要物种数据，可以换成其它）2.探索不同环境中的酶活性与理化因子间的关系。
相关系数和相关性分析（下）：肯德尔相关系数
R语言学堂
02-26 3045
专注系列化、高质量的R语言教程推文索引 | 联系小编 | 付费合集前面已经介绍了皮尔逊相关系数和斯皮尔曼相关系数，详见推文：相关系数和相关性分析（上）：皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数。本篇目录如下：3 肯德尔（Kendall）相关系数3.1 符号说明3.2 计算公式3.3 显著性检验3.4 案例3 肯德尔（Kendall）相关系数3.1 符号说明与斯皮尔曼系数一样，肯德尔相关系数也是用来度量有序...
R语言---相关系数
weixin_42712867的博客
08-14 2万+
相关系数可以用来描述定量变量之间的关系 相关系数的符号表明关系的方向，其值的大小表示关系的强弱程度 一般认为0.3一下的为弱相关，0.3-0.7之间的为中相关，0.7以上的为强相关 下面描述的关系都是线性相关，如果结果返回为不相关仅仅表示没有线性相关性 相关的类型 R语言可以计算多种相关系数，包括Peason相关系数,Spearman相关系数，kendall相关系数，偏相关系数，多分格相关系数和多...
R语言并行计算spearman相关系数
微生物生态学分析
09-19 9815
利用spearman相关性分析是构建共现网络的重要方法，但由于OTU table往往有成千上万行，用R自带的corr.test()函数计算较为费时，严重制约我们的分析速度。对spearman相关性分析进行并行化运行可大大节省计算时间，为此我们手写了spearman相关性分析函数来实现并行化运行。为方便讲解，本文以我们常见的OTU table 数据为例，对OTU进行两两spearman相关性分析，获得相关系数r和显著性p值。我们将自己手写的函数network_construct()与psych包中的corr.
统计学相关系数以及其代码实现
weixin_30659829的博客
07-18 317
统计学上主要有 3 大相关系数： 皮尔逊相关系数 斯皮尔曼相关系数 肯德尔相关系数 一、皮尔逊相关系数 1. 原理 2. 代码实现 >>> from scipy import stats >>> a = np.array([0, 0, 0, 1, 1, 1, 1]) >>> b = np.arange(7) &...
【数据科学】肯德尔等级相关系数（ Kendall's tau coefficient ）
探索世界，改变世界
10-12 5万+
在统计学中，Kendall等级相关系数，通常称为Kendall的tau系数（在希腊字母τ之后），是用于测量两个测量量之间的序数关联的统计量。甲tau蛋白测试是一种非参数假设检验用于基于所述tau蛋白系数统计依赖性。 它是衡量等级相关：数据的排序的相似度时排名由每个量。它以1938年开发的莫里斯·肯德尔命名，尽管古斯塔夫·费希纳在1897年的时间序列背景下提出了类似的措施。 直观地说，两个变量之...
统计学三大相关系数之肯德尔(kendall)相关性系数
ruthy的博客
09-08 5万+
肯德尔相关性系数，又称肯德尔秩相关系数，它也是一种秩相关系数，不过它所计算的对象是分类变量。 分类变量可以理解成有类别的变量，可以分为 无序的，比如性别（男、女）、血型（A、B、O、AB）； 有序的，比如肥胖等级（重度肥胖，中度肥胖、轻度肥胖、不肥胖）。 通常需要求相关性系数的都是有序分类变量。   举个例子。比如评委对选手的评分（优、中、差等），我们想看两个（或者多个）评委对几位选手...
三大统计相关系数：Pearson、Spearman秩相关系数、kendall等级相关系数
热门推荐
女王的code
10-30 12万+
统计相关系数简介     由于使用的统计相关系数比较频繁，所以这里就利用几篇文章简单介绍一下这些系数。   相关系数：考察两个事物（在数据里我们称之为变量）之间的相关程度。   如果有两个变量：X、Y，最终计算出的相关系数的含义可以有如下理解： (1)、当相关系数为0时，X和Y两变量无关系。 (2)、当X的值增大（减小），Y值增大（减小），两个变量为正相关，相关系数在0.00与1
三大相关系数: pearson, spearman, kendall（python示例实现）
weixin_38170853的博客
09-17 5666
三大相关系数：pearson, spearman, kendall 统计学中的三大相关性系数：pearson, spearman, kendall，他们反应的都是两个变量之间变化趋势的方向以及程度，其值范围为-1到+1。 0表示两个变量不相关，正值表示正相关，负值表示负相关，值越大表示相关性越强。 1. person correlation coefficient（皮尔森相关性系数...
r语言kendall协和系数_R语言-相关系数计算(一)
weixin_39589557的博客
12-22 1392
应用R语言完成相关性检验，相关性矩阵及相关性可视化首先安装相应的R包require(ggpubr)## Loading required package: ggpubr## Loading required package: ggplot2## Loading required package: magrittrrequire(tidyverse)## Loading required packa...
r语言kendall协和系数_关于Kendall协和系数的理解
weixin_39805409的博客
12-22 770
1. 引言变量之间相关程度的度量，在参数统计中最常用的是Pearson矩相关系数。在非参数统计 [1] 中，Spearman秩相关系数和Kendall-τ相关系数是常用的方法。但是它们只适用于两个变量的情形，在实际中常常需要处理多个变量之间的相关性，或多个评价的一致性，如凭手感评定毛织物的紧密程度，评论员的检验结果是否一致 [2]。对这类问题，可采用Kendall协和系数(Kendall’s co...
r语言Kendall相关系数
04-16
Kendall相关系数是一种用于衡量两个变量之间非线性关系的统计指标，常用于排序数据的相关性分析。它基于两个变量的等级信息，而不是具体的数值大小。Kendall相关系数的取值范围在-1到1之间，其中-1表示完全逆序关系，0表示无序关系，1表示完全正序关系。 在R语言中，可以使用kendall()函数来计算Kendall相关系数。该函数位于stats包中，使用方法如下： ```R # 导入stats包 library(stats) # 计算Kendall相关系数 result <- kendall(x, y) ``` 其中，x和y是两个需要计算相关系数的向量或数据框。函数返回的结果是一个对象，可以通过result$cor来获取Kendall相关系数的值。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值