怎么让热图显示基因名_热图使用指南（下）| 云课堂(23)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

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今天小编将与大家一起分享云平台里的热图使用指南(下)，一起学起来吧~

如何查看作图数据？

1. 在图上显示数字

2. 下载绘图表格

如下所示，下载的表格中的数据与下载时图片中数据完全对应，包括行和列的名称顺序和经过前期数据处理后的数值。

推荐用法：下载此表，删除离群样本或基因，重新上传，选择不处理数据，即可得到符合预期的热图。

基因太多导致名字重叠，怎么办？

1. 取消显示基因名

一般而言，对大量基因做热图时，是为了展现数据的总体趋势，此时没有必要显示出所有基因名。

2. 增加图片高度

减小字号也不一定能让行名清晰显示，在保持字号不变的情况下，增加图片高度可以自动拉长图片，为行名留出足够的书写空间。

需要注意的是，当增大图片高度时，网页上呈现的作图区域并不会因此调整(网页上的绘图区域目前暂时是固定的，以后会更新优化)，但是能控制下载的图片，所以这个调整效果需要下载后才能看到。

如何对齐两张热图，以便拼接？

可以控制方格高度相等，如下图所示，两个数据得到的输出图片，在缩放比相同的情况下，绘图区域是对齐的。

特别注意：调整方格高度可能会导致图片出界，需要同时调整图片高度。另外，需要注意的是，调整图片高度的效果并不会在网页上展示，需要查看下载的图片(下右图)：

如何使图例数字范围对称？

1. 中心化

对全部数据仅进行中心化处理可以使图例关于 0 对称：

2. 调整图例极值

如下原图，图例范围为[-3，2]，有两种解决方案：

方案一：增大最小值。

如图，将图例最小值提高到-2，图上框出来的超出范围的格子被赋予图例最小值的颜色。即，超出最小值的数字颜色不再加深，统一变成图例最小值的颜色。

方案二：增加最大值。

如图，将图例最大值提高到 3，此时没有数据超界，但是颜色分配发生了向下的移动，即，原来红色的区域，变成了橙黄色。

特别注意：图例极值一次只能调整一个，如上图，调整了最大值，就不能调整最小值(会自动隐藏)， 反之亦然。删除填入的值可取消隐藏，重新选择要调整的对象。

3. 区别

中心化方法是调整了所有数据的值，使之落入一个对称的区间；调整极值的方法是把超出图例范围的数值重新赋予颜色。两者没有优劣之分，对于不同的情况，合适的就是最好的。

如何仅对一个样本数据做热图？

下表为示例数据：

上传该数据：若输入文件只有1列，或者所有列的数据都相同，会跳出如下提示框。同时会锁定如下操作：【绘图前数据处理】模块中的中心化和标准化只能“按列处理”或者“不处理”；【聚类】模块只 能对“行”进行聚类或者不进行任何聚类。

另外，由于只有1列，自动将图片标题名设置为样本名(列名)，同时不再显示列名：

如何恢复全局的默认值？

1.点击“恢复默认值”按键，左侧参数栏的所有参数会回复默认值(输入文件不会清空)：

2. 点击浏览器的“刷新”按键，可以重启整个工具页面(输入文件会清空，同时报错等问题也会消失)

热图使用指南(下)就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://www.lc-bio.cn/faq/sop_detail.php?id=212或直接点击文末左下角“”下载~

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