怎么让热图显示基因名_【画图】如何用画热图？

热图 就是很热的图，会冒火的那种~~~

直接上代码

 1library(pheatmap) 2library(RColorBrewer) 3library(ggsci) 4library(DESeq2) 5vsd.T <- vst(dds, blind = FALSE) 6#选取差异基因做热图 7resSig_P <- subset(res, abs(log2FoldChange)>1 & padj 0.01) 8>mat.1  <- assay(vsd.T.1[rownames(resSig_P), ]) 9>mat.1  <- mat.1 - rowMeans(mat.1)p>
10#选取区分明显的基因做热图
11topVarGenes <- head(order(rowVars(assay(vsd.T)), decreasing = TRUE),1000)12mat  <- assay(vsd.T[ topVarGenes, ])13mat  <- mat - rowMeans(mat)14#设置行列名15anno.1 <- as.data.frame(colData(vsd.T.1)[, c("condition")])16rownames(anno.1) <- colnames(mat.1)17colnames(anno.1) <- c("State")18anno.1_T=subset(anno.1,anno.1$State=="Tumor")19anno.1_N=subset(anno.1,anno.1$State=="Normal")20anno.1<-rbind(anno.1_T,anno.1_N)21mat.1=mat.1[,rownames(anno.1)]22mypal = pal_gsea("default", n = 10, alpha = 0.9)(10)23ann_colors <- list(State=c(Mesenchymal="#756EF8FF",Proneural="#FC7D7FFF"))24pheatmap(mat.1, annotation_col = anno.1,cluster_cols = F,cluster_rows = F,25         show_colnames=F,show_rownames = F, 26         annotation_colors = ann_colors,color = mypal) 27pheatmap(mat, annotation_col = anno.1,cluster_cols = F,cluster_rows = F,28         show_colnames=F,show_rownames = F, 29         annotation_colors = ann_colors,color = mypal) ~~30

代码解释

resSig_P 1 & padj < 0.01)这句中res为DESeq2输出的结果,来自于这个：res=result(dds)，另外，倍数和padj参数自己看心情调整吧topVarGenes 这句中1000这个数字自己看心情调整吧mat 这句就是热图中数值标准化算法，当然还有别的，想DIY自己去google吧anno.1 这句中"condition"的condition就是DESeq2准备的coldata中那个列名，这个名字错了会错pheatmap(mat.1, annotation_col = anno.1,cluster_cols = F,cluster_rows = F,show_colnames=F,show_rownames = F, annotation_colors = ann_colors,color = mypal) 这句中所有的F都可以改成T，F就是关闭，T就是打开比如列聚类打开cluster_cols=T，行聚类打开cluster_rows =T显示列名show_colnames=T，显示行名show_rownames = Trownames(anno.1) colnames(anno.1) anno.1_T=subset(anno.1,anno.1$State=="Tumor")anno.1_N=subset(anno.1,anno.1$State=="Normal")anno.1mat.1=mat.1上面这些是对热图中列名的注释，其中anno.1_T=subset(anno.1,anno.1$State=="Tumor")anno.1_N=subset(anno.1,anno.1$State=="Normal")anno.1mat.1=mat.1是为了防止coldata中，各组乱排列造成的顺序混乱，重新整理一下mypal = pal_gsea("default", n = 10, alpha = 0.9)(10)ann_colors 这两句，是选配色的，根据自己喜好改吧，#756EF8FF是色彩编号配色，真的是水很深，自己看心情调整吧，如果感兴趣以后专门给大家讲一下。

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