速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响

介绍：

在Autodock Vina的中，用户需要提供两个关键的相关参数:

1)盒子大小（Box Size），即对接搜索空间的大小;

2)Exhaustiveness，即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成，其中包括对评分函数及其在位置-方向-扭矩坐标中的导数的许多评估)。Exhaustiveness通常直接与运行时间相关。Exhaustiveness越低对接速度越快，Exhaustiveness越高搜索空间更全面。

我们使用Autodock Vina对PDBbind v2017 refine数据集进行了对接探索Exhaustiveness对对接能力的影响。对于所有的盒子大小，Exhaustiveness=1始终表现最差，当对接盒子越大越差。不断增加的Exhaustiveness显著提高了所有盒子大小的对接能力，但对于更大的搜索盒子尤其如此。当Exhaustiveness大于25时，mRMSD值变化最小。

实验设置：

本研究使用的PDBbind v2017 refined数据集由蛋白质数据库(PDB)中可用的4154个实验确定的蛋白质-配体复合物结构组成。受体和配体使用*AutoDockTools (prepare ligand4.py和prepare receptor4