linux可变剪切分析,生信实操|一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（可变剪接篇）...

原标题：生信实操|一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(可变剪接篇)

转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。根据转录组分析内容可大致将其分析流程分为比对，转录本组装，差异表达分析和差异基因注释。目前，分析的每一步都有很多软件，其软件的性能和分析效率不尽相同。

对于转录组分析的第六步——绘图，主要介绍转录组分析中常见的图形绘制。下面小编来介绍转录组分析的第七步——可变剪接吧~可变剪接是指mRNA前体会通过不同的剪接方式产生不同的转录本，而不同的转录本会生成不同蛋白质进而影响生物学功能。可变剪接主要分为五种类型，分别为：外显子跳跃、5‘端可变剪接，3’端可变剪接，外显子互斥和内含子滞留。

目前分析可变剪接的软件有Asprofile，MISO，leafcutter和SpliceGrapher等。本文主要介绍SpliceGrapher的使用方法。