linux转录组分析,完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）

前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )虽然这个流程比较老了，现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的流程，但是作为入门的知识还是比较容易理解，这篇文章先更一下流程，后面会再更一篇 安装 Linux 子系统(已更新)，安装 anconda 和一些分析软件(已更新)的流程，凑一个真正完整的入门生信的操作流程。

火山图、热图在 R 中可视化部分已更新

我的电脑配置，真的是战五渣。

电脑配置

但还是在一天内跑完了整个流程

运行环境python2.7

原始数据如下：

原始文件

包括四个文件：

bowtie2_hg19 index 文件(这里已经提前使用bowtie2建立好了index文件可以直接使用)

raw_data illumina 双端测序原始文件(对照组和实验组各两个，就是八条测序文件)

rRNA rRNA index 序列文件(用于去除 rRNA 的影响)

分析流程

RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估

raw data的过滤和清除不可信数据(clean reads)

reads回帖基因组和转录组(alignment)

计数(count )

基因差异分析(Gene DE)

数据的下游分析(这次先不做这个，下次会单独写)

下面开始正式分析

1、fastqc质控

mkdir fastqc_result.raw #(建立输出文件夹)

fastqc -q -t 3 -o ../fastqc_result.raw/ *.fq.gz & #(使用fastqc质控软件，对所有raw_data进行质控检测)

2、multiqc整合质控文件(因为得到很多的质控检测结果，需要整合)

multiqc . #(这一步就是对 fastqc_reault 文件夹下所有文件进行整合)

整合后文件

3、根据质控结果，使用fastx_tolltik去除不良序列

zcat hela_ctrl_rep1_R1.fq.gz | fastx_trimmer -f 11 -l 140 -z -o out_rep1_R1.fq.gz &

zcat hela_ctrl_rep2_R1.fq.gz | fastx_trimmer -f 11 -l 140 -z -o out_rep2_R1.fq.gz &

zcat hela_ctrl_rep2_R2.fq.gz | fastx_trimmer -