linux转录组kegg注释,转录组入门（8）：差异基因结果注释

作业要求

我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。

然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。

来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750#lastpost

实验过程

1.差异基因筛选

我在转录组入门(7)：差异基因分析已经完成了差异基因筛选，为了更好的衔接，我将上一步的代码也一并写入，完整流畅一些，最后我们得到的是数据diff_gene_deseq2，包含了差异表达基因。(这里就不在详细注释这些代码，请看上一篇文章)

require(DESeq2)

control1

control2

rep1

rep2

raw_count

raw_count_filt

raw_count_filter

ENSEMBL

row.names(raw_count_filter)

raw_count_filter

condition

countData

colData

dds

head(dds)

dds2

resultsNames(dds2)

res

summary(res)

table(res$padj<0.05)

res

diff_gene_deseq2 1 | log2FoldChange < -1))

2.GO/KEGG分析及GSEA

我们主要用到的就是Y叔的R包：clusterProfiler包，github上有详细的说明，这个包的功能很强大，我小白一个真的是整不明白，大致看了一些，不过还是有学习到很多，下面就开始贴代码。

2.1 安装clusterProfiler

安装clusterProfiler以及依赖的包，因为个人的电脑都是有差别的，所以我也不好说，这样的代码就一定适合你，因为在我参考别人的时候，就是出现了很多问题，没法安装和载入这个包。具体问题还是要具体分析，也不要那么容易放弃，稍微折腾一些，说不定就能解决。

# Bioconductor的包，安装都是一个套路，source一下，bioLite一下，就差不多了。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("clusterProfiler")

library(clusterProfiler)

# DOSE和DO.db这两个包在我安装的时候提示需要安装，才能载入clusterProfiler，所以就直接安装。

# 问题是在我安装的过程中，又提示好多依赖包没法安装，出现了权限的问题，说是目录NOT PERMISSION。

# 所以一气之下，我就直接修改了R包的读写权限，因为个人电脑&#x