转录组上游分析教程 | 第一章 Linux基础

对于Linux服务器的操作,在本次的教程中不会进行过多的讲解。因为,这部分的教程网上随处可见。在我们的教程中,只会初步的教大家如何操作,就只是服务器操作的基础知识。

我们依旧是更具从最简单的开始吧。因为,我们的教程主要受众的群体是“生信小白”。

1.1 Linux的简介



1.2 如何获得Linux


1.3 如何登陆服务器



1.4 如何学习Linux操作


which grep
alias grep='grep --color=auto'
	/usr/bin/grep
echo $PATH

绝对路径:从根目录起始的路径,如/usr/bin

相对路径:从当前路径起始的路径,如../test

1.5 Linux文件权限

只读用r表示: 只允许该类用户读其内容 
可写用w表示: 允许该类用户对文件内容进行修改 
执行用x表示: 允许该类用户把文件当程序执行
d:目录     
-:文件     
l:软链接  

1.6 Linux常用操作



1.7 Linux更多常用命令


小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

都看到这里啦!! 点个小星星再走呗!小杜在此感谢!

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转录学数据分析Linux环境下进行。在进行转录测序时,通常需要每至少有3个生物学重复样本,以便进行差异分析。然而,有时会遇到样品测序失败的情况,导致每只有一个重复样本。在这种情况下,可以采用一些方法来解决。 一种解决方法是使用Gfold软件,该软件是同济大学开发的,适用于没有生物学重复样本的情况。该软件在Linux环境下运行,可以用于鉴定无重复数据的差异基因。请注意,该软件不支持Windows版本。 另一种方法是使用blastx命令进行转录数据分析。该命令可以将转录本序列与数据库进行比对,以鉴定相似序列并进行功能注释。例如,可以使用以下命令进行blastx分析: blastx -query transcripts.fa -out transcripts.xml -db ~/Biosofts/blast+/bin/nrdb -outfmt 5 -evalue 1.OE -6 -max_target_seqs 10 -num_threads 20 这些方法可以帮助您在没有生物学重复样本的情况下进行转录学数据分析。 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [没有生物学重复的转录数据怎么进行差异分析?](https://blog.csdn.net/weixin_33507566/article/details/116859122)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [对转录测序数据进行分析以及注释](https://blog.csdn.net/weixin_30111277/article/details/116817834)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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