零基础入门转录组分析——第一章(软件的安装)
(我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation,版本16.0.0, linux系统是ubantu64位,版本20.04.3)
转录组分析全流程:软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化
***后续内容会以实例(小鼠注射药物后基因差异变化)展开,手把手教你做转录组分析
所需软件:
1. 软件管家:miniconda(conda可以安装后续步骤所需的大部分软件)[conda官网](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html)
2. 质控:fastqc, multiqc, cutadapt, trim-galore(注意:安装trim-galore前需要先安装fastqc和cutadapt,安装代码:conda install XXX)
3. 序列比对:hisat2
4. 表达定量:subread
5. 辅助用的一些软件:vim(文本编辑器),tree(查看文件的软件)
1. conda的安装
从conda官网中找到需要的版本(如图1所示)
找到所需要的版本后,右键后选择复制链接地址,到linux下输入:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh
等待linux下载完miniconda,当前路径下会出现一个XX.sh的文件(如下图)
接着输入:bash Miniconda3-py310_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh
即可安装(安装过程中遇到的提示信息一律选yes)
安装后需要重新加载一下环境变量:source .bashrc
,加载完之后命令行最左侧会出现一个(base)的白色字体,说明目前已经进入conda环境。
2. conda配置channels
channels的配置:
-
要用到文本编辑器vim,首先先使用
sudo apt install vim
指令安装vim文本编辑器 )
注意:指令输入后需要输入密码,如果你是个人虚拟机,那么密码就是你的登录密码(你自己就是最高权限),但如果是和别人共用的,你要找到最高权限的那个人要密码。 -
在linux根目录下输入:
vim .condarc
进入文件编辑器中,点键盘上的i即可开始编辑模式,参照下图输入:(注意:-前后都有一个空格)
输入完先点键盘上的Esc键,之后输入:wq保存退出(点Esc前可以注意观察界面左下角的变化)
配置完channels后可以通过conda install XXX来安装一些软件。
例如:conda install fastqc
注意:在安装软件前也可以通过conda search fastqc
命令先查找是否有fastqc软件存在!
3. 常用生信软件的安装
质控:fastqc, multiqc, cutadapt, trim-galore
序列比对:hisat2
表达定量:subread
上述6个软件都能通过conda install XXX -y
命令安装(XXX是软件名)。
注意:安装trim-galore前需要先安装cutadapt
后续内容会逐渐更新,欢迎关注,希望本教程能对自学转录组分析的小可爱们有所帮助!!!