零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）

零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）

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（我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0， linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）

转录组分析全流程：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化

***后续内容会以实例（小鼠注射药物后基因差异变化）展开，手把手教你做转录组分析

所需软件：
	1. 软件管家：miniconda（conda可以安装后续步骤所需的大部分软件）[conda官网](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html)
	2. 质控：fastqc, multiqc, cutadapt, trim-galore（注意：安装trim-galore前需要先安装fastqc和cutadapt，安装代码：conda install XXX）
	3. 序列比对：hisat2
	4. 表达定量：subread
	5. 辅助用的一些软件：vim（文本编辑器），tree（查看文件的软件）

1. conda的安装

从conda官网中找到需要的版本（如图1所示）

找到所需要的版本后，右键后选择复制链接地址，到linux下输入：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh

等待linux下载完miniconda，当前路径下会出现一个XX.sh的文件（如下图）

接着输入：bash Miniconda3-py310_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh即可安装（安装过程中遇到的提示信息一律选yes）

安装后需要重新加载一下环境变量：source .bashrc，加载完之后命令行最左侧会出现一个（base）的白色字体，说明目前已经进入conda环境。

2. conda配置channels

channels的配置：

1. 要用到文本编辑器vim，首先先使用 sudo apt install vim指令安装vim文本编辑器 ）
   注意：指令输入后需要输入密码，如果你是个人虚拟机，那么密码就是你的登录密码（你自己就是最高权限），但如果是和别人共用的，你要找到最高权限的那个人要密码。

2. 在linux根目录下输入：vim .condarc
   进入文件编辑器中，点键盘上的i即可开始编辑模式，参照下图输入：（注意：-前后都有一个空格）
   
   输入完先点键盘上的Esc键，之后输入:wq保存退出（点Esc前可以注意观察界面左下角的变化）

配置完channels后可以通过conda install XXX来安装一些软件。
例如：conda install fastqc
注意：在安装软件前也可以通过conda search fastqc命令先查找是否有fastqc软件存在！

3. 常用生信软件的安装

质控：fastqc, multiqc, cutadapt, trim-galore
序列比对：hisat2
表达定量：subread

上述6个软件都能通过conda install XXX -y命令安装（XXX是软件名）。
注意：安装trim-galore前需要先安装cutadapt

后续内容会逐渐更新，欢迎关注，希望本教程能对自学转录组分析的小可爱们有所帮助！！！