go kegg_GO和KEGG的绘图详解

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什么是GO？什么是KEGG？ 

GO(Gene Ontology，基因本体论)是基因本体论联合会建立的一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO注释分为三大类，分别是：分子生物学功能(Molecular Function，MF)、生物学过程(Biological Process，BP)和细胞学组分(Cellular Components，CC)，通过这三个功能大类，对一个基因的功能进行多方面的限定和描述。

而KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书)，是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG下属4个大类和17和子数据库，而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway，专门存储不同物种中基因通路的信息，也是用的最多的一个。

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 数据准备 

1)GO富集结果文件GO_Enrichment.txt，示例：

2)KEGG富集结果文件KEGG_Enrichment.txt，示例：

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 代码实现(R语言) 

载入需要的R包：

suppressMessages(library(ggplot2))

suppressMessages(library(dplyr))

suppressMessages(library(stringr))

suppressMessages(library(clusterProfiler))

载入数据文件并处理：

GO_Name = "GO_Enrichment.txt"

KEGG_Name = "KEGG_Enrichment.txt"

GOFile = read.csv(GO_Name, header = T, sep="\t")

KEGGFile = read.csv(KEGG_Name, header = T, sep="\t")

GOFile.P

GOFile.C

GOFile.F

GOFile.C.head = head(arrange(as.data.frame(GOFile.C), pvalue), 10)#筛选前十

GOFile.P.head = h