go分析和kegg分析_一文教你如何掌握基因功能(GO)和信号通路(Pathway)分析

大家在进行差异基因表达分析时,会得到一批显著差异基因,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG(pathway)通路富集分析。那么,啥叫GO功能注释呢?啥是KEGG?

作为小白的我真是有点混淆呢!今天就给大家详细介绍一下GO/KEGG的强大之处!以及我们如何从这批差异基因中如何得知他们参与的功能与通路。

GO(gene ontology)

先说说GO,GO(gene ontology)分别从功能、参与的生物途径、细胞中的定位,对基因产物进行了简单注释。所以通过GO富集分析可粗略地了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)

再来说说KEGG,大多数听说过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的人都会把它当作一个基因通路(Pathway)的数据库,其实它的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG拥有好多子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是大家用得最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当作是一个通路数据库了。

现在问题来了,我们手握这么一批差异基因该如何知道他们参与的功能和通路呢?所以主角闪亮登场,就是今天要给大家介绍的,可以找到差异基因参与的功能与通路的在线分析工具——DAVID与KOBAS。

GO与KEGG富集分析,往往同时出现在不同场合,DAVID其实就可以做GO与KE

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