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KEGG pathway 注释整理

获得KEGG注释

通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO)的注释，即基因或者转录本对应的K number, 具体参见两个软件的wiki.

获得KO与pathway的关系

进入KEGG官网，然后点击KEGG BRITE进入该数据库，在这个数据库中可以下载KEGG数据库中手工创建的层次结构文件(BRITE hierarchy files)。在这里，需要下载包含pathway和KO对应关系的文件，点击KEGG Orthology (KO)下载，这里下载json版本。

下面解析该文件，生成表格文件便于使用。

import json

import re

with open("ko00001.json") as f:

ko_map_data = json.load(f)

with open("KEGG_pathway_ko.txt", "w") as oh:

line = "level1_pathway_id\tlevel1_pathway_name\tlevel2_pathway_id\tlevel2_pathway_name"

line += "\tlevel3_pathway_id\tlevel3_pathway_name\tko\tko_name\tko_des\tec\n"

oh.write(line)

for level1 in ko_map_data["children"]:

m = re.match(r"(\S+)\s+([\S\w\s]+