MIMIC数据数据库导入教程

MIMIC数据库是一个开放获取的医疗数据库，专注于重症监护领域。它收集了来自波士顿一家医疗机构的临床数据，涵盖了数万名ICU患者的信息。MIMIC数据库包括临床笔记、实验室结果、医疗影像和药物治疗等多种数据类型，为医疗研究人员、数据科学家和医疗专业人士提供了宝贵的资源。研究者可以利用MIMIC数据库进行疾病模式分析、预测建模和临床决策支持等方面的研究。这一资源对于改善重症患者的护理质量，推动医学科研具有重要意义。

    很多小伙伴想使用MIMIC数据库进行数据分析，但是他们不知道如何安装这个数据库，要想顺利的安装好MIMIC数据库，还是有一定技术难度的，特别是对于不了解计算机的小伙伴来说，今天我就教小伙伴们完整的安装MIMIC数据库，只要按照我的步骤一步一步进行，保证小伙伴们都可以顺利的安装好这个数据库。

看这里：

MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上）

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（下）

MIMIC数据库安装保姆级教程（上）

MIMIC数据库安装保姆级教程（下)

今天我们讲如何将下载好的数据集导入pg数据库

我们从官方下载完脚本之后，实际需要使用的数据导入脚本在以下目录：

mimic-code-main\mimic-iv\buildmimic\postgres

标题

 

 

我们需要依次执行以下4个文件：

1. create.sql（这个是生成表的脚本）
2. load_7z.sql（导入数据的脚本）
3. constraint.sql（生成主键跟外键脚本）
4. index.sql（生成索引的脚本）

1，打开psql终端：找到第二步安装postgres数据库的目录，在安装目录的script文件夹中，可以找到psql的启动命令，双击runpsql.bat文件就可以进入到psql终端。

 在psql终端，连续输入多次“回车键”，直到提示要输入postgres账号的密码，此时输入你安装postgres数据库时输入的管理员密码，就进入到了数据库中，如下图，终端提示“postgres=#”，说明你已经进入了数据库。

 

2，创建mimiciv数据库：进入到数据库后，我们第一步就需要先创建mimiciv数据库，使用如下脚本创建mimiciv数据库：

#创建mimiciv数据库DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

3，进入mimiciv数据库：创建完数据库后，我们就可以使用如下命令进入到mimiciv数据库：

# 切换到mimiciv数据库\c mimiciv

4，创建mimiciv数据库表：切换到mimiciv数据库后，我们就可以使用官方的脚本创建mimic数据库表了：

#生成表，create.sql是生成表的目录，windows系统注意使用正斜杠\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

 

5，导入数据：创建完表之后，就可以导入数据了，使用如下官方脚本导入mimic数据：(以下脚本的mimic_data_dir变量是mimic数据的存放路径)，执行这一步，大概需要好几个小时的时间才能完成，如果大家发现终端卡住了，需要每隔半小时按下键盘的回车键。

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#设置mimic数据存放路径\set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data/mimic-iv-2.2'#加载Mimic数据\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

6，创建主键跟外键：数据导入完成后，就可以执行以下官方脚本创建表的主键跟外键：

\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql

7，创建索引：创建完主键跟外键后，最后我们需要执行以下官方脚本创建表的索引：

\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql

以上就是MIMIC数据库从安装到数据导入的全部过程，如果大家在安装的过程中遇到问题， 请微信公众号【科研收录】后台私聊我