linux blast,构建Web页面的Blast(windows/linux)

准备1：Linux，下载最新版的blast下载，找到适合你的版本。假设安装在/usr/ncbi/

准备2：php环境，运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下，一般需要在你用户名(如zhenglc)下建个文件夹public_html，里面随便放个页面。内容可以是：

文件名：phpinfo.php

echo phpinfo(); ?>

注意权限。你可以用chmod命令来改变文件或文件夹的权限。

chmod 777 zhenglc

chmod 777 public_html

chmod 777 phpinfo.php

有了权限后才可以运行。又假设你全部配置好了。例如该Linux的IP是192.168.1.1

http://192.168.1.1/~zhenglc/phpinfo.php

地址类似这样。如果一切顺利。当然会有内容。失败的话就重头再检查一遍。成功后接下来就比较简单。无非就是写个界面，然后调用blast就是。

例如：一个简单的界面index.php

1. To Blast Test DB Information(Enter FASTA sequence):

//注意这里

Select

Select

触发Form之后，提交到blastall.php

< ?php

$sequence=$_POST[sequence];

$blast=$_POST[blast];

$bv=$_POST[bv];

$data=$_POST[data];

$filename=md5 (uniqid (rand()));

//随机产生一个文件名

$file=fopen("/tmp/$filename.seq","w+");

//把提交的序列保存在这里

fwrite($file,$sequence,strlen($sequence));

fclose($file);

system("/usr/ncbi/blast/blastall -i /tmp/$filename.seq

-p $blast -d /ext2/zhenglc/blastdb/$data -b $bv -v $bv -F F");

//这里运行blast。用system调用linux命行。 exit; } ?>

是比较简单的。具体一些路径自行更换。参数也是。

另外，你也可以直接下载

另外如果是在windows环境，如XP下的。注意路径。

相应的地方改为：

$file=fopen("C:/blast/$filename.seq","w+");

$blastresult=passthru("C:/blast/bin/blastall.exe -i

C:/blast/$filename.seq -p $blast -d C:/blast/db/$db -b $bv -v $bv -F F");

//Linux下用system函数，windows下运行用passthru函数。

print $blastresult;

~完~!