viroblast搭建blast网页

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写在前面

因为有不少朋友反馈，部署成功后网页不返回比对后的结果，建议大家检查下面三项内容，尤其是前两项：

1. 服务器上给blast+、data、db等文件夹777权限
2. PHP代码中的system方法 换成 exec
3. db中除了构建的index文件，还需要加入序列文件，因为功能中有下载选中序列这一项

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因为数据库中需要有blast功能，我们在网上搜到有viroblast，Sequenceserver 等开源的码可以用。viroblast是PHP写的，所以打算直接拿来用，然后改一下前端（捂脸，狗头）
感谢小麦研究联盟和基因课
本文记录仅作为little_raccoon的实验记录

1. 安装apache2 服务器

sudo apt-get install apache2

/var下会有/var/www/html文件夹

ifconfig #获取IP

在浏览器输入IP，会出现下面界面，表示apache2已打开

2. 安装PHP相关扩展包

sudo apt-get install libapache2-mod-php php php-gd

我在ubuntu12.04上遇到下面报错 Unable to locate package …，网上搜索解决方法后，更换了几个软件源并且apt-get update，但是仍未解决。最后在ubuntu16.04上发现可以安装成功，于是就在16版本上进行，没有再去纠缠报错的问题。

3. 下载 viroblast
   我在github下载的，去viroblast主页申请licence也可以下载

4. 配置viroblast

解压

unzip ViroblastStandalone-master.zip

文件夹移动到/var/www/html下

mv ViroblastStandalone-master.zip /var/www/html/viroblast

将makeblastdb后产生的三个文件放到/var/www/html/viroblast/db/nucleotide下（我在这里只用核酸序列，没有用到蛋白序列）

更改viroblast配置文件

sudo vim /var/www/html/viroblast/viroblast.ini

test_na_db为blast数据库的名字，little_raccoon为显示在前端页面的名字，如果有多个库，用逗号分隔开

最后就是这样，接下来是前端设计修改，伪装一下（狗头）.